种蛋从贮藏室取出后，要在孵化室内自然预热，待蛋表温度达到室温后即进行码盘入孵，码盘位置与贮存时一致。另外，孵化机事先清洗、消毒、调试，并要预热。
1.孵化温度和湿度的要求
如果把孵化机传感器放在孵化机内蛋盘外面的空间里，在入孵后第1-7天孵化机空间温度为38.5度，第8-18天为38度，第19-21天为37.5度，如果把孵化机传感器放在蛋盘里的种蛋上，则从始至终保持蛋温37.8-38度即可。孵化湿度根据孵化机不同而区别，电热管直接放在孵化机内加温的老式孵化机，机内风很大,入孵后第1-20天孵化湿度60%,第21-24天为70%。用暖风加热，机内风机较小的孵化机，入孵后第1-20天孵化湿度45%，第21-24天为60%。
2.翻蛋
在入孵后第1-20天，每隔2-3h要翻蛋一次，每日翻蛋8-12次，翻转角度为90度，以使胚胎各部分受热均匀，防止胚胎黏壳。如果孵化机内各处温差0.5，则每日要调盘一次，即上下蛋盘对调，蛋盘四周与中央的蛋对调，以弥补温差的影响。
3.照蛋
第1次照蛋在孵化后第7天进行，通过照蛋，捡出无精蛋和死胚蛋。受精蛋胚胎发育正常，血管呈放射状分布，颜色鲜艳发红；死胚蛋颜色较浅，内有不规则的血环、血弧，无放射状血管；无精蛋发亮无血管网，只能看到蛋黄的影子。第2次照蛋在入孵后第17天进行，以删除死胚蛋，活的正常胚蛋移入出雏盘和出雏器。活胚蛋呈黑红色、气室倾斜、边界弯曲、周围有粗大的血管；死胚蛋气室周围看不到暗红色的血管，边缘模糊，有的蛋颜色较浅，小头发亮。在孵化过程不定期地抽检胚蛋，以便掌握胚胎发育情况，并据此采取相应措施。
4.落盘与出雏
鸡种蛋孵化至18天，应将活的胚蛋落盘。落盘后要按种蛋孵化的温度与湿度要求来控制温度和湿度，即较前一孵化阶段，温度适当降低，而湿度适当增加，以利出雏。为保证有足够湿度，应适当增加水盘数量，保持水盘内的清洁，以利水分蒸发。鸡种蛋孵化至第20天即开始出雏，满21天出雏完毕，鸡雏出壳后，在出雏器内要停留至羽毛干透，而后取出，放入育雏室或箱中。拣雏过早，幼雏羽毛未干，对环境适应性差；捡雏过晚，幼雏羽毛干后，即可活动，则雏可能自行爬出，掉入水盘淹死。出雏期间应尽量少开照明灯，只在捡雏时开灯，以免幼雏爬行时损伤关节。一般2小时拣雏一次。
5.孵化管理
鸡蛋在孵化期间，每日定时观察温度和湿度（如不符合要求应及时调整），并做记录，一般每2小时检查记录一次。定时往孵化机的水盘内加水，定时翻蛋。注意通风换气及仪表、指示器的变化，如有异常应及时排除故障。
每次孵化工作结束后，应将孵化器、出雏器及用具进行彻底清扫、刷洗和消毒。