不同品种或不同品系的孵化率不同;近交种蛋孵化率低，因为鸡的致死基因可导致孵化末期的胚胎死亡;杂交种蛋孵化率高。
1.种鸡周龄，母鸡初产期的蛋孵化率低;在30周龄~42周龄产的蛋孵化率最高;以后随周龄增长而逐渐下降,约在45周龄后，孵化率降低2%~5%。
2.母鸡产蛋量，鸡的产蛋量与孵化率呈正相关，即鸡群产蛋量高其孵化率也高;影响产蛋量的因素也同样影响孵化率。
3.种鸡营养，日粮中营养不全如缺乏维生素A，孵化初期死胚增多;缺乏维生素D，孵化后期胚胎死亡率高;缺乏B族维生素，蛋白稀薄，孵化中期死胚增加，弱雏增多。矿物元素钙、磷、锌、锰等缺乏，孵化率降低。
4.种鸡管理，鸡舍温度、通风及垫草的状况不良，造成舍内卫生较差，种蛋受到污染，从而影响孵化率。种鸡感染蛔虫、鸡白痢、鸡支原体等病均影响孵化率。有些疾病如鸡白痢、鸡支原体病等，可以通过带菌母鸡经蛋传染。尤应注意。