种蛋在贮存过程中，蛋内水分会通过蛋壳上的气孔不断向外散发，导致种蛋气室增大、失重，随着时间的延长，会使种蛋孵化率降低甚至失去活力。所以，种蛋需贮存在相对湿度为70%～80%的环境中，以延缓这一变化趋势。若相对湿度过低，胚蛋内的水分会通过蛋壳表面的小孔散失，导致胚胎脱水；过高又容易出现蛋壳表面霉菌滋生的现象。此外，还有两点需要注意：当种蛋由冷库向温度高的地方转运时，水蒸气会凝集到蛋壳上，形成水滴，俗称冒汗。种蛋冒汗不仅不利于操作，而且容易受到细菌污染。可以从逐步提高蛋温与降低湿度两个方式解决种蛋出汗问题，实践中多采用逐步提高蛋温办法。同时，要注意决不能用甲醛熏蒸有水汽的种蛋，要待全部种蛋都干燥后方可熏蒸。经过溶液浸泡或清洗的种蛋，因其蛋壳表面的胶质层已被破坏，种蛋失去了良好的天然保护屏障，某些病原微生物容易进入蛋内，进而影响胚蛋的质量，使其活力下降甚至失去活力，因此，经过浸洗的种蛋保存时间决不能过长，通常以2天为限。