环境温度适宜，环境温度因贮存时间的不同而不同。若贮存期少于7天，温度为13～17为宜；超过7天时温度以10～12为宜。同时，还要求贮存温度的相对恒定，不可忽高忽低。如过高或过低，都会对胚蛋造成不良影响。当贮存温度高于23.9时，胚胎开始发育，这会导致在孵化过程中部分鸭胚早期死亡，以及孵化时死胎量增加；当环境温度低于5甚至0
以下时，就会使种蛋因低温应激或者受冻而不能用于孵化；若环境温度长时间低于10，种蛋也会因长时间的低温应激而失去继续发育的能力。种蛋贮存期间的温度可根据时间长短来确定。家禽的体温为40～43,种蛋产出到贮存应是一个逐渐降温的过程。如降温过快，会对胚胎造成一定的损害。一般降温时间以0.5～1天为宜。同样道理，种蛋由贮存室转入孵化室进行孵化前也应是一个逐渐升温的过程，温度上升的不可过快。
环境湿度合理，种蛋在贮存过程中，蛋内水分会通过蛋壳上的气孔不断向外散发，导致种蛋气室增大、失重，随着时间的延长，会使种蛋孵化率降低甚至失去活力。所以，种蛋需贮存在相对湿度为70%～80%的环境中，以延缓这一变化趋势。若相对湿度过低，胚蛋内的水分会通过蛋壳表面的小孔散失，导致胚胎脱水；过高又容易出现蛋壳表面霉菌滋生的现象。此外，还有两点需要注意：当种蛋由冷库向温度高的地方转运时，水蒸气会凝集到蛋壳上，形成水滴，俗称冒汗。种蛋冒汗不仅不利于操作，而且容易受到细菌污染。可以从逐步提高蛋温与降低湿度两个方式解决种蛋出汗问题，实践中多采用逐步提高蛋温办法。同时，要注意决不能用甲醛熏蒸有水汽的种蛋，要待全部种蛋都干燥后方可熏蒸。经过溶液浸泡或清洗的种蛋，因其蛋壳表面的胶质层已被破坏，种蛋失去了良好的天然保护屏障，某些病原微生物容易进入蛋内，进而影响胚蛋的质量，使其活力下降甚至失去活力，因此，经过浸洗的种蛋保存时间决不能过长，通常以2天为限。