1、孵化厅内造成胚胎早期死亡的原因有：贮蛋条件不正常（一般要求种蛋在16～17环境中贮存不超过7天）、消毒不当（如熏蒸剂量不正确，在入孵后第4～96小时期间熏蒸）、蛋盘设计不合理（如蛋盘间距过小）而造成种蛋破损，或因翻蛋系统故障而造成的长时间不翻蛋或翻蛋角度不正常，孵化器温度过高或波动太大。
2、孵化厅外造成胚胎早期死亡的原因有：种蛋在鸡舍受到污染（如窝外蛋），因产蛋箱设计不合理或操作不当而造成蛋破裂，收蛋不及时或鸡抱窝造成种蛋在贮存之前已经开始发育，蛋壳质量差，饲料中添加某些药物（如球虫净）或用药方法不当，营养问题（如缺乏维生素A、维生素E、生物素等），种鸡感染新城疫、传染性支气管炎等疾病，种蛋受精率低，来源于饲料、饮水等渠道的毒素太多等。