要确保种蛋的质量，首先要求种禽生产性能高，无经蛋传潘疾病，饲料营养全面，管理良好，受精率高和无传染性疾病，尤其是要杜绝或严格控制经蛋传播的疾病。对于种鸡，蛋传疾病主要有白痢、白血病和支原体病等。
种蛋的选择清洁度要注重蛋的清洁程度、蛋的大小、蛋形、蛋壳的颜色和厚度等。蛋壳粘有粪便或被破蛋液污染的污染蛋不仅自身的孵化效果较差，而且还会污染其他正常的种蛋和整个孵化器，增加死胚和腐败蛋，导致孵化率降低和雏鸡质量下降。大蛋和小蛋的孵化效果均不如正常的种蛋。对同一品系同一日龄的鸡群，所产蛋的大小越一致，种蛋合格率越高，说明鸡群的选育程度越高，饲养管理也越好。大蛋的孵化时间较长，而小蛋的孵化时间又较短，两者都不宜做种蛋。鸡群刚开产时小蛋多，此时的大蛋中双黄蛋多，产蛋率处于上升阶段，受精率较低，孵出的雏鸡也很弱小，成活率低。接近椭圆形的种蛋孵化效果最好，蛋形指数要求在0.72-0.75(蛋形数指的是鸡蛋短轴与长轴的比值)。选种蛋时剔除细长、短圆、枣核状、腰鼓状等不合格蛋。蛋壳有裂纹、砂皮的都属于遗传缺陷，不能作种蛋。不同品种的蛋壳颜色不同，但是种蛋必须符合本品种特征。对于褐壳蛋鸡或其他蛋壳颜色一致性选择程度较低的品种，留种蛋时不一定苛求蛋壳颜色完全一致。而对于由疾病或饲料营养等因素造成的蛋壳颜色突然变化要特别注意，如确系该原因造成的应暂停留种蛋。