1、脱肛：笼养种鸡脱肛较散养鸡多，其主要原因是笼养种鸡缺少运动，肛门肌肉的收缩力弱，也可能是种鸡患输卵管炎，营养过剩或输精时翻肛过度。笼养鸡应细致管理，减少此类病的发生。
2、笼养种鸡疲劳症：多发于产蛋趋于高峰期的鸡群，主要是由于饲料中钙不能满足机体产蛋需要，维生素D缺乏，钙、磷代谢紊乱。钙、磷的比例不低于3:1和不高于5:1，也可在下午单独补饲一次钙粉，同时应给以鸡适当的光照。
3、啄羽、啄肛癖：笼养种鸡啄羽、啄肛较易发生，此病可由于饲料中缺乏营养、光照过强，鸡体寄生虫以及以上的脱肛引起，一旦出现很难控制。治疗时要查找病因，从根本上做起，同时适度给以镇静剂。如缺乏蛋白、维生素或某种矿物元素要给以及时补充，有体内寄生虫时要内服阿维菌素驱治，有体外寄生虫时要喷雾适宜浓度的高效氯氰菊酯杀虫。如舍内氨浓度过大引起，要合理通风。
4、骨折：笼养鸡骨质疏松，极易发生骨折，这与种鸡长期缺乏运动及钙的摄入不足有关。因此，补钙应从种鸡上笼时开始，维生素D要满足供应，避免导致缺钙，管理者要避免种鸡惊群，捉鸡时动作要轻。