影响肉种鸡生产性能的最大因素之一是疾病因素，在肉种鸡的整个生命过程中，无时无刻都在受到各种疾病的威胁，作为肉种鸡饲养管理者，应该时刻关注种鸡的健康状况，并努力为种鸡群建立一个生物安全体系，这将是成功饲养肉种鸡的最根本保障。
经过国内外多年的生产实践证明，目前，最行之有效的生物安全体系就是：全进全出的生物安全体系。即，在同一个鸡场只饲养同一个日龄的鸡群，从育雏、育成直至产蛋的整个生产周期都能够做到：全进全出。
此外，另一条行之有效的办法就是对易感鸡群进行预防性保护，即，制定一个符合当地的科学的免疫程序，选择确实可靠的疫苗，实施精确的免疫操作；选择适当的药物，在适当的时间进行预防性投药；不断改善饲养环境，精心管理，减少应激。