种蛋质量直接关系着孵化率及雏鸡的质量。种蛋质量一方面来源于生产性能好、无垂直传播疾病、受精率高且营养全面的种鸡群；另一方面取决于种蛋的科学合理储藏与保存。储藏科学得当则种蛋的品质得以保留，有益于提高孵化率和成活率。
首先要及时消毒。消毒是确保种蛋较好保存的重要条件。消毒应在种蛋进入储存室前进行。每天捡完蛋后，立刻集中在一起进行消毒。消毒的方法包括熏蒸消毒、浸泡消毒和喷雾消毒。
熏蒸消毒是孵化场最常用的方法，操作简便，节省人力，杀菌效果好。可用福尔马林熏蒸消毒和过氧乙酸熏蒸消毒。注意所使用的药液应现配现用。
浸泡消毒适用于小规模生产种蛋的消毒，尤其是清洁度较差的种蛋，但费时费力且易造成破损。应根据不同的药物要求浸泡不同时间，消毒后的种蛋不宜久存。选用的药物有新洁尔灭、碘液等。
喷雾消毒的方法对环境要求不高，节省人力。在操作过程中，雾滴大小是关键，注意不要在蛋表面形成水流，造成水洗蛋，这样会影响药物的渗透消毒作用。选用的药物有百毒杀、抗毒威等。
其次要控制好温度和湿度。保存种蛋适宜的温度范围为13～18。如果要求保存时间短，则宜采用温度上限；如果要求保存时间长，则应采用温度下限。当环境温度高出胚胎发育的适宜温度时，则会导致胚胎发育不完全和不稳定，容易引起胚胎早期死亡；若环境温度长时间偏低，虽然胚胎发育处于静止状态，但会使胚胎活力严重下降。
种蛋壳上有许多气孔，在保存期间，蛋内水分通过气孔不断被蒸发，必须使储蛋室保持一定的湿度。种蛋储存室适宜的相对湿度为70％~80％。在此范围内既能明显降低蛋内水分的蒸发，又可防止霉菌滋生。
还要做到定时翻蛋。种蛋保存期间，左右的木块或砖头，每天将其挪放于另一侧箱子下面，反复挪放2次位置即可。或使蛋架车宜将种蛋钝端朝下放置。这样可使蛋黄位于种蛋的中心。实验表明，种蛋小头向上大头向下存放能提高孵化率。种蛋保存1周以内不必翻蛋，保存时间稍长时（1周以上），每天应翻蛋1次~2次，以防胚胎与壳内膜粘连及胚胎早期死亡。可采用以下简单的翻蛋方法：将装种蛋的蛋箱一侧下面放一块厚25cm、蛋箱位置侧转25～30也为同样效果。
此外，对环境和贮藏时间也有很高的要求。接触种蛋的蛋箱、蛋托、蛋架等要消毒。储存室的隔热性能要好，防冻，防热，防止室内温度变化过大，防蚊蝇鼠；保持清洁卫生、空气新鲜；避免阳光直射和冷风直吹种蛋。
在通常条件下，种蛋的保存期与出雏率成反比。一般要求种蛋保存期限以5天～7天为宜，最长不要超过两周。若超过两周，其孵化率将低于60％。如果不具备适宜的保存条件，应缩短保存时间。温度在25以上时，种蛋保存最多不超过5天；温度超过30时，种蛋应在3天内入孵。否则出雏率和健雏率均会明显降低。