（1）小肠球虫的感染：
由于小肠球虫在肠粘膜上大量生长繁殖，导致肠粘膜增厚，严重脱落及出血等病变、几乎使饲料不能消化吸收，同时，对水分的吸收也明显减少，尽管鸡大量饮水，也会引起脱水现象。这是引起蛋鸡粪便变稀，粪中带有没消化的饲料的原因之一。是产蛋因饲料吸收不良出现下降的原因，包括蛋壳色泽变陈旧的原因。
（2）肠道内环境的变化：大量的实验资料表明：在小肠球虫感染的过程中，小肠球虫在肠粘膜细胞里快速裂殖生殖，因球虫的大量增殖需要消耗宿主细胞的大量氧，导致小肠粘膜组织产生大量乳酸，使得鸡肠腔内PH值严重降低。由于肠道PH值的改变，肠道菌群发生改变，有益菌减少，有害菌大量繁殖，特别是大畅杆菌、沙门氏茵、产气夹膜杆菌等趁机大量繁殖，球虫与有害菌相互协同，加强了致病性。肠道内容物pH值的下降，会使各种消化酶的消化能力下降，饲料消化不良，另外，PH值的下降，会刺激肠道粘膜，使肠的蠕动加快加强．消化液排出增多，饲料通过消化道的时间缩短，消化时间减少，导致饲料消化不良。由于肠的蠕动加快加强，胆囊分泌的胆汁迅速从肠道排出，与没消化的饲料混合在一起，形成该病的特征性粪便略带浅黄色的粪便。
（3）自体中毒：在发病的过程中，大量的肠上皮细胞破裂，在细菌的作用下，发生腐败分解，以及虫体死亡、崩解等产生大量有毒物质，被机体吸收后发生自体中毒。从而在临床上出现产蛋下降部分鸡先兴奋不安，后瘫软昏迷衰竭死亡的情况。
（4）饲料中维生素、能量和蛋白质的影响
：在调查中发现，饲料营养越丰富，发病率越高，症状也越严重，品质较低的饲料相对发病率较低。这是因为，在球虫与细菌的混合感染中，大量的能量，蛋白质和部分维生素促进二者大量繁殖，加重症状。