辣椒发生菌核病的症状：苗期染病茎基部初呈水渍状浅褐色斑，后变棕褐色，迅速绕茎一周。湿度大时长出白色棉絮状菌丝或软腐，但不产生臭味，干燥后呈灰白色，病苗呈立枯状死亡。成株染病主要发生在距地面5至22厘米茎处或茎的分叉处，开始产生水渍状浅褐色不规则病斑，病斑绕茎一周后向上下扩展。湿度大时，病部表面生有白色棉絮状菌丝，后茎部皮层霉烂，髓部解体成碎屑，病茎表面或髓部形成黑色菌核。菌核鼠粪状，圆或不规则形。干燥时，植株表皮破裂，纤维束外露似麻状，个别出现长4至13厘米灰褐色轮纹斑。花、叶、果柄染病呈水渍状软腐，致使叶片脱落。果实染病，果面先变褐色，呈水渍状腐烂，逐渐向全果扩展，有的先从脐部开始向果蒂扩展至整果腐烂，表面长出白色菌丝体，后形成黑色不规则菌核。