补气：秸秆生物反应堆中的功能菌种是一种好氧菌，向反应堆中补充氧气是十分必要的。措施是：储气池两端留气孔，反应堆上打孔，把三根长1.5米左右、内径10厘米的塑料管壁扎若干个气孔，插入反应堆两端和中间秸秆层中，便于通气，利于菌种繁殖。反应堆上料加水当天就要开机抽气，即使阴雨天，也要开机5小时。

    补水：建堆后，头10天内可用储气（液）池中的水循环向反应堆淋水1次，以后可用井水补充，7～8天向反应堆补1次水。

    补料：外置反应堆一般使用50～60天，秸秆消耗60%，此时应及时补充秸秆和菌种，补秸秆1500千克，菌种3千克，浇水湿透后，用直径10厘米尖头木棍打孔通气，然后盖膜。

    用气：要坚持开机抽气，苗期每天5～6小时，开花期7～8小时，结果期每天10小时以上。不论阴天、晴天都要开机，自上午8时至盖草帘为止。如果停电几天，通电后要把反应堆产生的气排放到棚外，防止有害气体熏苗。

    用液：按1份浸出液对2～3份的水，喷施叶片和植株，每月进行3次，也可结合浇水进行冲施。

    用渣：将外置反应堆清理出的陈渣，收集起来，作追肥或底肥用。