水肥管理不当。施用氮素肥料太多或太迟造成贪青晚熟；施肥不匀造成田间生育进程不一致；施用未腐熟有机肥或有机肥施用过量、田间长期泡水等造成禾苗僵苗不发、黑根烂根；施用劣质肥料造成禾苗生长异常甚至死亡。

　　倒伏。未按照品种特性管理过量施用氮素肥料或田间排水不畅、长期渍水引起倒伏。黄熟期倒伏？也称后期倒伏？对产量有一定影响不利于机械化收割；抽穗扬花期至乳熟期倒伏？也称前期倒伏？产量损失严重甚至绝收。

　　病虫危害造成的非种子质量问题

　　病害。杂交水稻栽培的传统病害有恶苗病（由赤霉菌引起的禾苗徒长）、稻瘟病、纹枯病、细菌性条斑病（检疫性病害）和白叶枯病等；近年发生面积越来越大、危害程度越来越严重的有稻曲病；发生面积迅速扩大、广大用种户认识不足、有较大疑惑和分歧的病害有霜霉病；个别地方出现叶鞘腐败病。如近年湖南长沙、浏阳、平江、醴陵等威优系列组合主栽区大面积发生霜霉病发病后病株比正常株略矮田间成不规则分布抽穗后结实率低或不结实严重丘块田间分布许多大小不一的圆形病块病块成典型的“铁锅”形状发病中心病株矮缩、不抽穗甚至腐烂死亡。多个系列的杂交水稻组合都可见霜霉病发生以威优系列组合为重且病后暂无特效药防治。

　　虫害。虫害主要有二化螟和稻飞虱危害其它有稻水象甲（检疫性虫害）、稻象甲、稻纵卷叶螟、稻蓟马等。因虫害较易识别由虫害产生的非种子质量问题纠纷较少。

　　用种不当造成的非种子质量问题

　　人为种子混杂。人为种子混杂是双季稻混栽区较常见的非种子质量问题之一表现为在田间出现典型的2个或2个以上不同熟期或者不同株叶形态的品种。人为种子混杂可能是由零售商售种时拿错种子或用种户自身混杂引起一般表现为只有个别田块混杂。由零售商拿错种子造成的混杂一般认定为非种子质量问题责任由零售商承担。

　　误用F2代。个别农户由于对杂交稻缺乏认识抱有侥幸心理误用杂交稻F2代作大田用种田间出现分离现象各种杂株类型的比例很高。近年此类现象已逐渐减少。

　　错季用种。晚稻种子用作早季栽培表现为生育期延长抽穗时可能遇到高温伏旱影响结实；早稻种子用作晚季栽培可能表现为植株矮小、分蘖力弱、稻穗短小、产量低。

　　气候因素造成的非种子质量问题

　　气候异常往往对杂交水稻生产造成大范围的灾害还可能引发病虫害的大量发生。因气候异常影响范围广产量损失大易引起群发性的种子质量纠纷是非种子质量事故的主要成因之一。

　　温度异常。低温造成植株生育进程推迟抽穗困难出现卡颈现象结实率降低严重影响产量。高温影响稻株自花授粉造成高温逼熟空壳率增加千粒重降低。特别是短期（2~5d）严重高温或低温对处于敏感阶段（减数分裂期、抽穗期）的水稻可能造成极大影响同一田块的不同区域甚至同一穴的不同稻株受害程度可能完全不一致可能造成结实率低至20%~30%甚至绝收。如2005年月20日左右和9月初湖南省大部分地区遇到连续2次低温冷害造成处于抽穗期或幼穗分化期的许多中、晚稻品种结实率严重下降；株洲县姚家坝出现6.67hm2连片威优227结实率降到20%~30%、稻穗灌浆期间地上部节间又出现大量新的分蘖这一异常现象造成大面积几乎绝收调查证实正是抽穗扬花期遇到8月20日左右的低温所致。

　　大雨。抽穗期遇大雨造成大雨洗花影响结实率。

　　水淹。水淹可能造成稻株腐烂或生长异常。d）干旱。干旱造成稻株分蘖能力降低叶色变浅每穗总粒数减少结实率下降。

　　药害引起的非种子质量问题

　　药害造成的损失较大加上混配药剂的使用增多、有效成分复杂田间施药量和施药密度逐渐加大由药害引起的非种子质量问题逐年增多。药害的主要特征是田间成块状或条状分布与施药者的施药习惯和走向密切相关。

　　敌敌畏等农药药害。过量施用敌敌畏等农药叶面出现大量斑点甚至造成叶片枯黄。

　　除草剂药害。个别农户错将除草剂当病虫防治用药使用或者使用施用除草剂后未清洗干净的喷雾器施药前期药害造成禾苗卷曲、矮缩、死亡中、后期药害严重影响抽穗和结实。

　　其它农药药害。其它农药药害可能造成叶片卷曲、叶色异常、抽穗困难、结实率降低等不良影响。在抽穗扬花期防治病虫害注意不能上午施药应避开扬花时段选择16:00以后施药否则易造成空秕粒大幅增加严重影响产量。