目前，云南全面推广漂浮育苗技术，至2004年推广面积已达415万亩，占移栽大田面积的82.6％。管理和消毒良好的漂浮育苗，可培育出无病壮苗，减少烟苗病毒病带毒率，对大田期病毒病具有较好的防治效果。然而，管理和消毒不善的漂浮育苗，由于烟苗密度大，剪叶操作频繁，剪叶操作传播普通花叶病的速度很快，在生产中存在个别育苗池或育苗棚移栽后普通花叶病高发的风险。影响漂浮育苗推广最具威胁的病害就是病毒病。因为病毒病在大田发生后，没有较好的防治方法，只有从以下几个方面做好防控工作，才能充分发挥漂浮苗的优势，减少漂浮苗病毒病造成的损失。
　　
　　一、育苗场地消毒
　　
　　播种前应对育苗场地消毒，用40％育宝200倍液，2％二氧化氯150倍稀释液或30％有效氯漂白粉20倍液对场地周围、拱架进行喷雾消毒；喷施25％敌杀死3000倍液、功夫3000等药剂防治害虫。
　　
　　二、覆盖尼龙网隔离防虫
　　
　　尼龙网覆盖对防治蚜传病毒病有明显效果。尼龙网四周要覆盖严密，防止害虫进入棚内。小棚在需要揭网操作的过程中，如：装盘、定苗、剪叶、施药、施肥过程中要随时保持尼龙网的覆盖。大棚出入需要随手关门，经常检查各处门、窗和通风口尼龙网覆盖是否严实，及时修补破损处。
　　
　　三、育苗前的消毒
　　
　　切实做好育苗前水、盘、膜的消毒工作。
　　
　　1、使用清洁水源，严禁使用浸过病烟株或其他茄科作物的积水和被人畜粪污染的水。
　　
　　2、池水消毒：每池水（40盘）加入20～25g漂白粉消毒。
　　
　　3、旧苗盘、池膜消毒：提前3―7天进行，消毒剂使用参考使用说明书。
　　
　　（1）可选用的消毒液有：
　　
　　30％有效氯的漂白粉10～20倍稀释液；
　　
　　2％二氧化氯100～150倍稀释液；
　　
　　40％育宝150～200倍稀释液。
　　
　　（2）消毒处理方法：①喷洒和浸湿，然后用塑料膜覆盖保湿2～6天，延长时间效果更好；②直接浸泡20分钟以上，延长时间效果更好。处理后用清水清洗，防止影响出苗率。晾干后方可铺垫或装盘播种。
　　
　　四、剪叶前和移栽前用抗病毒药剂进行预防
　　
　　采用推荐的抗病毒剂，在每次剪叶前进行预防性施药一次（用药浓度要掌握在推荐浓度的下限，宜低不宜高，喷液量不能过多，防止产生药害。施药后，务必待叶面干燥后剪叶；带水剪叶，会加快包括病毒病在内的多种病害传播），移栽前2～4天（必不可少）再进行抗病毒剂和／或杀蚜剂的预防性施药一次。
　　
　　五、剪叶工具消毒
　　
　　考虑到传毒速度和消毒难易。建议优先采用弹力剪叶器剪叶。影响剪叶工具消毒效果的因素主要有：消毒时间、消毒剂种类与浓度、消毒频率。
　　
　　（1）剪叶工具消毒处理方法级别有：常规消毒方法：①浸泡剪刀1分钟以上；②消毒液湿布来回擦弹力线3个来回；③消毒液喷雾剪叶机刀片，保持2分钟以上。彻底消毒方法：①浸泡整把剪刀5分钟以上，每人最好准备两把剪刀，轮流剪叶和清洗，保证剪刀消毒时间在5分钟以上；②消毒液湿布来回擦弹力线和整个弹力架3遍以上；③消毒液清洗剪叶机刀片和接触烟苗部位，拆下并浸泡刀片10分钟以上。
　　
　　假植苗每剪80～100株烟苗，操作人员的手、剪刀必须用消毒液清洗一次，再用清水洗去消毒液。每人最好准备两把剪刀，轮流剪叶和清洗，保证剪刀消毒时间在5分钟以上。
　　
　　（2）可选用的消毒液有：
　　
　　30％有效氯的漂白粉10～20倍稀释液；
　　
　　2％二氧化氯100～150倍稀释液；
　　
　　40％育宝150～200倍稀释液；
　　
　　24％的毒消300倍稀释液。
　　
　　（3）消毒频率和消毒级别：剪刀和弹力剪叶器每剪一盘苗、机器每剪10盘或1池苗苗后消毒一次，有发病史的棚要提高消毒频率，以免剪叶传播病毒病。大棚群机器剪叶要加强消毒的管理工作，有条件的地方，建议制定奖惩措施。每剪完一个大棚之后，剪叶机必须进行一次彻底消毒。棚群之间最好固定专用剪叶机，若不得不共用剪叶机，必须进行一次彻底消毒。
　　
　　（4）剪完叶后剪刀或剪叶工具应进行消毒后再收藏，同时修剪下来的烟叶应及时清理出棚外，并把落在苗盘上的叶片拾干净，以避免叶片腐烂，而导致根腐病的发生。