沼气生态链条长而综合利用率不高，是沼气产业化面临的第三道坎。部分沼气工程综合利用率偏低，沼渣沼液利用效益低下，特别是将沼气转化为其他能源进行利用的程度不够高，存在一定的资源浪费现象。此外，沼气供应要应对农村逐步普及的液化气竞争，与液化气相比，沼气以甲烷为主，其热值高于液化气石油气，但沼气的稳定供应容易受到“能环工程”运行状况的影响。因此，提高能环工程的管理水平、保障工程的正常运行是提高沼气竞争力的关键。

同时，一般沼气工程建设的福利化性质，使沼气未能按市场价格收费，这影响了能环工程的效益。专家认为，沼气实行商业化运作，就应按其实际热值进行定价，但要使用户接受市场定价，需要加大宣传力度。

农业部科技教育司巡视员王衍亮表示，经过多年的努力，我国在农村地区的污染物控制和节能减排工作已取得显著成效。按照规划，力争到2010年，新增能源节约和开发能力5000万吨标准煤以上，畜禽养殖场大型沼气工程达到4700处。