假如这些基因的相互关系较一些遗传改进方式来得好，就可利用这些其他性状。无论如何，如果基因属类与其他不同性状相配合，那麽降低这些性状的表现，会影响这个已被选出的性状的改进量。单一性状选拔，导致许多生产者经营失败，因此他们选择一个性状，以两年的时间而且确定其他性状在性能表现上不佳。因此乐见於所选择的性状有遗传改进的现象，他们这时改变选拔压力，然後相同步骤又再发生，综合超过一个性状较一个性状的方法更有效率，发展出一种平衡的育种方式。

　(三)选拔指数

　　选拔指数利用遗传率、基因之间的关连性与实际体重，组合数个性状成为一个单一指数值，做为选拔的依据。这种选拔方式优於单一性状选拔，因为它将选拔压力放在数个性状上，计算上相对地简单，而且以可程式化的计算器而实际利用在农场，以澳洲养猪业所用的选拔指数为例如下所示：

　　INDEX = 30*ADG - P2 fat + LWT* 0.1

　　ADG = 平均日增重 ( 克／天 )

　　P2 Fat = 位於背中线最後肋骨後 65mm 处脂肪厚度

　　LWT = 测试期活体重

　　许多不同的选拔指数用於今日的养猪业，它们之间的不同在於包含不同的性状与不同性状下实际体重而公式化成指数。使用不适当的指数，在育种目标上会产生较不适当的反应结果。

　　在一种情形下，这些选拔指数有个共同点，他们是用来比较被选拔出来的同群的动物 ( 例如，一群在农场中性能表现测试完成的动物 )，选拔指数不能计算不同群动物，因此从不同群试验动物得来的指数不能相互比较，这就如同在猪群中，一头老的种公猪与一头年轻的公猪，在测试结束後，不能拿来做选拔或淘汰的比较，而且遗传趋势随着时间，无法去评估这种育种方式的成效。

　(四)最佳无偏差线性预测

　　最近在动物育种方面的发展与低成本的电脑技术，现在正有效率的影响生产者，使他们可以属类地评估他们的猪。＂ BLUP ″现今已在全世界应用於许多不同家畜业，特别是乳牛业已利用这种技术许多年，BLUP 成为国际性的基因评估，因为它较其他基因评估方式具有下列其优点：

　　1.动物模式 BLUP 是利用所知个体相对性的资讯，因此能提供有关於动物准确的遗传优势评估。

　　2.它使不同管理制度记录下或不同时间阶段、不同动物遗传差异变得容易比较。

　　3.它可以用来比较不同群的动物，提供一个适当遗传连锁在这些不同群动物之间。

　　4.它也可用来做为动物与动物之间不同数量、资料的比较，就像已产三胎的母猪与没有生产记录的女猪之间。

　　5.它允许一定量的动物，他们之前经历不同数量的选拔。例如评估公畜与母畜的繁殖性能。

　　6.它分隔基因与非基因对性能表现的影响，成为个别的组或因此能够使育种可以评定随着时间改变遗传的改变量。

　　这些要点，注定了 BLUP 较先前对猪的遗传评估方式为优 ( 如外观评估 )，单一性状评估或选拔指数，特别是具有高准确度、评估与促进动物之间遗传及不同群动物与不同管理方式的比较。研究显示，利用 BLUP 来选拔的反应 ( 相对於用指数选拔 )，使之具较低遗传可能性对这些性状是相当好的 ( 见表 1 )，增加这种选拔反应，将使动物在育种价上相继淘汰的比率增加，我们就必须用同属性较好的动物来替代它，而不要等到他们到达一个固定的年龄或价值，如猪。低遗传性状如产仔头数 ( h²＝12% ) 女猪本身的性能表现，在选拔结束时的选拔反应上，可能有 33% 的改进。在高遗传性状，如背脂 ( h²＝40% ) 在渐变的 BLUP 下，较原来动物个别的性能表现上，也可增进遗传改进量达 12%。

表 1 利用 BLUP 选拔反应的影响