然而，随着水产养殖业向规范、安全卫生方向发展，“猪—鱼”生态养殖模式受到卫生安全方面的严峻挑战。一方面，随着集约化养猪业的发展，猪病明显增多且复杂化，猪用药物增加；也随着水产养殖业向高密度发展，水质下降，渔业生态环境退化，水源不足、换水成本增加；另一方面，因生活水平提高和国际贸易发展的需要，水产品的卫生安全和贸易问题越来越引人注目。

当前“猪—鱼”生态养殖模式中卫生安全问题主要表现在如下三方面：猪病原体通过排泄物带入水体；猪饲料添加剂，如砷制剂；猪用兽药，特别是抗菌药对水产养殖水体环境和生物乃至鱼的影响，例如畜禽常用的抗菌药喹乙醇、土霉素、泰乐菌素等对水环境有潜在的不良效应（WebberEC等，1992）。在上述三方面中，关于病原体传播问题，可以通过粪便废水无害化预处理后使用而得以控制，避免用带病原体的废弃物开展水产养殖；从当前跟随猪排泄物进入鱼塘或其他环境的重金属来看，最突出的问题是铜、锌和砷，这在很大程度上需要政府、社会和技术的引导，通过源头控制加以减量，这方面国外已有成功的历程；而猪用抗菌药物及其代谢产物，随粪或尿进入鱼塘前很难进行有效的预处理，因此它成为“猪—鱼”模式中卫生安全问题的焦点。上述传统生态养殖模式如何向卫生安全型模式转变，是新时期值得探讨的课题。