常用消毒方法有三种。

(1)生物学消毒法：即将病猪污染过或没有污染过的粪便、垫草、污物等堆积在一起进行发酵处理，利用粪便污物中微生物生命活动所产生的热量，在几天或2个月内可杀死非芽胞、病毒、寄生虫卵等，起到消毒作用。

(2)物理消毒法：即利用阳光、紫外线、干燥、高温(包括煮沸、火烧等)杀灭病原体。阳光是天然消毒剂，其光谱中含有紫外线，有较强的杀菌灭毒能力。另外，阳光的灼热可造成水分蒸发、干燥，亦有杀灭病菌的作用。一般的病毒和不产生芽胞的细菌，在阳光照射下几分钟至数小时就可被杀死。焚烧多用于抵抗力顽强的病原体及其引起的传染病尸体和垫草污物等；煮沸和蒸汽多用于一般病原体的病毒。

(3)化学消毒法：即利用化学药物的作用杀死细菌和病毒，达到消毒目的