合成肽苗即用根据免疫抗原表位的氨基酸序列合成的抗原决定基小肽制作的疫苗。一般是从蛋白质的一级结构并结合单克隆抗体的分析，推导出蛋白质免疫主要抗原表位的氨基酸顺序，然后合成或基因工程表达这一段肽作为抗原。 　　
Dimarch用合成O1K病毒VP1141-158和200-213片段氨基酸组成的40个氨基酸肽（半胱氨酸-半胱氨酸-200-213-脯氨酸-脯氨酸-丝氨酸-141-158-脯氨酸-半胱氨酸-苷氨酸），在其中间加上两个脯氨酸和一个丝氨酸，使多肽折成立体构型，达到提高了单段肽（141-158-脯氨酸-半胱氨酸-苷氨酸）在豚鼠中的应答水平，并提出了N-末端氨基酸（半胱氨酸-半胱氨酸）在提高保护应答的重要性。Brown等用化学法合成了FMDVVP1基因编码的140-160及200-213位肽段基因片段，并在大肠杆菌体内得到了表达，用其免疫牛、猪等都获得了较好的免疫力。Doel分别用A、O、C血清型FMDVVP1序列的141-158和200-213肽段组成的40个aa合成肽，用牛和豚鼠进行了试验，结果每个肽都产生了特异性高水平抗病毒中和抗体，在豚鼠中O、A型肽可抗各自病毒的攻击并获得完全保护，C型较差。