一、慎重处理单胞藻培养用水单胞藻培养用水必须经过严格的消毒。
　　作为生产性藻种培养用水，必须要经过煮沸灭菌，冷却至室温后再使用，在冷却过程中必须加盖，无盖的容器可用清洁的白纸盖在瓶口。而二、三级藻类的培养用水可用化学方法来消毒，即在已经清洗过的池子中，放入经过沙滤或用脱脂棉过滤处理后的海水，再在池内海水中放入若干量的漂白粉，使池内海水中有效氯的含量为20～30毫克／升，充分搅拌均匀后经过8～10个小时的消毒，再进行强充气，一般曝气10小时左右，再加入等当量的硫代硫酸钠，来中和水体中可能残留的有效氯，并经测定水体中无残余有效氯后即可使用。经过处理后的海水最好能在短时间内用完，尽量不要超过一天，以防止再次被污染。
　　二、容量和工具的消毒作为藻种级培养用的三角烧瓶等容器，必须用加热法或煮沸消毒法杀菌。作为生产性扩大培养用的玻璃瓶、水泥池等，通常用300～400毫克／升的高锰酸钾溶液或者含有效氯200～300毫克／升的漂白粉水溶液来浸泡消毒，具体的做法是：先用淡水或普通海水把容器或藻类池冲洗干净，再把容器或工具放入已配制好的高锰酸钾溶液(或漂白粉溶液)中浸泡5～10分钟，取出后用消毒过的海水冲洗干净即可使用。对藻类池的消毒，可用配制好的高锰酸钾溶液(或漂白粉溶液)由池壁顶部淋洒下来，并泼洒池底，过10分钟左右用消毒过的海水冲洗干净即可使用。
　　三、加大各级培养中的接种比例一般藻种级培养接入的藻种与新培养液的比例为1∶0.5～1，中间培养或大面积培养，它们的比例为1∶3～6，这样藻液中可繁殖的单胞藻个数多，培养液中藻类增长速度快，缩短了培养时间，相对减少了污染。另一方面也利用了生物间的拮抗作用，增大了培养液中藻种的浓度，来抑制其他杂藻及敌害生物的繁殖，减少藻液被污染的可能性。
　　四、接种时间接种时间一般选择在上午8：00~10：00之间进行，不宜在晚上接种，因为晚上不少藻类沉在底部，而白天藻类进行光合作用，趋光上浮，便于观察其运动能力，还可起到选种的作用。
　　五、日常管理中应注意搅拌搅拌可促进藻类的生长繁殖，其作用主要是：第一，通过搅拌增加水和空气的接触面，以补充由于藻类光合作用对二氧化碳的消耗；第二，帮助沉淀的藻类细胞上浮而获得光照；第三，防止水表面产生菌膜。搅拌要定时进行，且时常更换方向，以免造成漩涡式水流。同时搅拌不要太猛，防止藻液溅出。
　　光照调节光照适合与否，对培养藻类的生长关系很大，目前生产单位都是利用自然光培养，但易变，所以，在培养管理中，必须根据天气情况，调节光照强弱，力求光照强度尽可能适合于培养藻类的要求。晴天藻类室用白色的确良布作布帘遮光，防止直射强光照射；雨天光照最差，要把培养瓶尽量靠近窗口，有条件的可利用人工光源照射。
　　温度调节每一种藻类都有其适应温度范围和最适温度范围，但目前绝大多数单胞藻的培养还不具备控温条件，只能顺从自然温度的变化，在不同季节选择能适应或基本适应当地温度变化条件的培养种。
　　一般高温对藻类生长不利，在夏天进行室内培养须把门窗打开通风降温。
　　六、敌害防治在单胞藻的培养中，敌害生物的污染和危害是造成藻类培养失败的主要原因。对敌害生物应“以防为主，防治结合”，尽可能减少其危害。
　　预防措施预防应贯穿在藻类培养过程的各个环节。首先，力求藻种及营养盐的纯度，控制源头污染；其次，海水须经严格过滤消毒，器具及藻类培养池也需严格消毒，同时加大接种比例，抑制其他杂藻及敌害生物的繁殖，减少藻液被污染的可能性；再则，在日常管理中，保持藻类室的干净卫生，以防灰尘及昆虫等的污染。
　　消除、抑制或杀灭敌害生物一是使用过滤方法清除大型敌害生物单胞藻都很小，对污染的大型敌害生物(如轮虫等)，可以用过滤方法清除。通常清除轮虫可用网孔小于60微米的筛绢过滤，经一次过滤可以清除轮虫的成体，而轮虫卵和正在发育的幼小个体不能完全清除，所以必须连续过滤3天，每天1次。待第一次过滤后存留下来的卵和幼小个体发育成长为成体后，在第二次或第三次过滤时清除掉。
　　二是使用药物抑制或杀灭敌害生物用于抑制或杀灭敌害生物的药物，有化学药品和中草药两大类。但往往由于敌害生物对药物的抵抗力比培养藻类强，效果不理想。目前，有效的药物方法还不多，药物杀灭敌害生物虽然取得一些初步效果，但还需进一步试验。