即便甘鑫物种能与敦煌种业合作，敦煌种业仍将面临玉米品种“先玉335”上一样的“瘸腿”问题。

　　2006年12月，敦煌种业与美国杜邦集团先锋良种国际有限公司成立合资公司，总投资2000万美元，敦煌种业占股权比例的51%，杜邦先锋占股权比例的49%。其中，杜邦先锋将其知名品牌先玉335生产经营权转让给合资公司，但是品种权仍保留在手中。

　　敦煌先锋2009年实现净利润2.18 亿元，为母公司敦煌种业贡献了1.11亿元的利润；2010年，先锋又为敦煌种业贡献净利润1.6亿元左右。敦煌种业多年来60%以上的净利润都依赖敦煌先锋。

　　在与杜邦的合作中，敦煌种业改变不了“种子经销商”的被动地位，只能外购优良品种，而无力开发新品种。在吉祥一号上，敦煌种业依然如此。

　　另外，武威农科院向敦煌种业的转让行为也不尽规范。由于吉祥一号品种所有权由武威农科院和黄文龙各占一半，武威农科院希望先从黄文龙处获得100%的品种权，再向敦煌种业授权生产经营。但知情人士告诉记者：“黄文龙与武威农科院达成了转让品种权的协议，不过品种权证书登记还没变更，资金还没打过来，协议还没有履行完。”

　　理论上说，黄文龙拥有50%的品种权，应当分得一半的生产经营权转让收益。不过上述知情人士表示，敦煌种业支付的2680万元中，黄文龙只拿到300万元左右。

　　12月28日，黄文龙向记者强调：“转让协议已经签字了，是我自愿的。现在只是合同还没正式实行，有些手续还没办完。”