完善的生态农业保障机制，是实现农业生态化管理，促进农业健康快速发展的重要支撑。通过制定相关生态农业发展的制度和政策，形成有效的激励机制、管理机制、科技支持体系、绿色经济核算制度，实现资源循环利用和环境有效保护，确保农业生产者在保护环境中获得更多的效益。

　　健全生态农业激励机制在生态农业发展中，政府的支持和参与是不可或缺并极为重要的。目前我国促进生态农业发展的制度多以行政性规范和管理引导为主，尚未在国家层面上建立包括管理制度和经济激励措施等在内的生态农业法律制度和政策体系和农产品价格机制等保障机制，导致生态农业发展的资金投入不足，农民缺乏应用生态农业技术的积极性，因而全面推进生态农业受到一定的限制。为此，政府必须建立促进生态农业发展的利益驱动机制，在财政、金融、税收和价格等政策和制度上予以扶持和优惠，建立健全生态农业补贴制度、保险制度、利益补偿机制、绿色开发通道，促进生态农业可持续发展。特别是要运用价格、税收、信贷等手段调节或影响生产者的行为，实现农业发展与环境保护的协调发展；通过建立长期、稳定、有效的利于生态恢复和环境保护的经济补偿制度，引导农民自愿实施生态化管理，进一步提高发展生态农业的积极性、主动性。

　　健全生态农业管理机制发展生态农业，要求政府管理必须运用现代管理理念和方法，建立完善的生态农业政策体系，并以法律法规的形式对这些生态农业政策加以固定，形成有利于生态农业发展的生产经营行为规范、利益协调和成果保障机制。发展生态农业，要健全生态农业科技管理体制，建立多元化农业科技与开发机制，建立农业科技风险预防与保障机制，确保农业科技创新活动稳健、安全运行。发展生态农业，要以完善土地流转制度为着力点，提高农户的社会化、组织化程度，形成现代农业组织网络体系。

　　健全生态农业科技支持体系农业科技支持体系包括农业新产品或新方法的研究、试验推广、生产应用和扩散等。目前生态农业技术开发创新体系不完善，生态农业技术转化推广体系尚未建立，农业新技术的转化率不足，技术推广缺乏有效的服务体系，导致生态农业技术多为传统技术的简单叠加，在一些关键技术上未有大的突破，既制约着农村地区可持续发展，又直接影响着生态食品的质量和生态农业的发展。要提高农业综合生产能力，增强农业科技自主创新能力，迫切需要发挥法律制度的引导、规范和保障作用。为充分发挥科技手段在生态农业发展中的地位和作用，必须制定确保农业科技创新活动有效与快速发展的相关配套法律制度。同时，在技术上更加注重“绿色”，加快研发与高效生态农业相适应的技术；在模式上更加注重“生态”，大力推进农作制度改革和生产模式创新；在服务上更加注重“高效”，构建适合生态农业发展的农科教、产学研一体化的新型技术推广和中介服务体系。

　　建立生态农业绿色经济核算制度我国现行的国民经济核算方法是一种非绿色的经济核算制度，它没有扣除资源消耗和环境污染的损失，与发展生态经济的要求不尽适应。绿色GDP国民经济核算体系，既是世界银行推出的一项举措，更是我国“十二五”规划提出的新要求，它要求在现行的GDP中对环境资源进行绿色核算，从中扣除环境成本和对环境资源的保护费用，它能较客观真实地反映包括国内生产总值在内的一系列经济指标，能促使政府积极实施可持续发展战略。