覆盖面低。我国农村参保人数占全国农业人口的比重只有7%左右，占第一产业即从事农业生产的人口也只有平均15%左右，这与国际水平有一定的差距。据国际劳工组织统计资料显示，日本和韩国农村养老保险的覆盖率已经分别达到93%和97%以上；印度2006年也已为全国25%的农村老人提供了养老金。

　　保险标准低。我国现行的农村社会养老保险制度是完全积累型的个人账户制，养老金水平完全取决于账户积累期限和积累规模，投保期限越长、缴费金额越多，收益就越多。其实质更类似于一个低保障、低缴费水平的农民养老保险个人储蓄计划，如大多数地区农民投保时都选择了保费最低的2元/月的投保档次。在不考虑通货膨胀等因素的情况下，如果农民在缴费10年后开始领取养老金，每月只能领取4.7元。如果一次性缴费100元，对于现在20岁的人来说，到60岁时开始领保险金时，每月也只能拿到104元。这样的保障水平显然难以满足农村老年人的生活需求，难以真正实现养老保险的功能。

　　筹资渠道少、筹资能力弱。目前农村养老保险资金主要来源于三个方面：一是国家财政投入，二是农村集体经济，三是农民自身收入。在国家财政投入少，农村集体经济给予补助的政策落实出现困难的条件下，农民收入水平低、收入增长缓慢更加大了农村养老保险资金筹集难度。

　　2003—2007年，农民总收入的年均增长率只有10.36%，落后于同期我国GDP年均10.6%的增长幅度，也大大低于城镇居民收入水平。这直接制约了农村养老保险制度的筹资渠道。

　　基金保值增值难。根据国家目前对农村养老保险基金的管理规定，其保值增值的途径是购买国债和存入银行，不得直接用于投资，但这两种投资方式均难以实现基金保值增值。

　　从2003—2007年银行存款利率与全国零售物价指数的对比看，即使银行长达5年期的存款利率也难以完全抵消农村居民消费价格上涨幅度。银行利率大幅下调,农村养老保险基金增值机制却无法应变。

　　基金管理较为松散。由于农村养老保险基金采取属地化的管理方式，并下放到县级，而我国很多县级财政为“吃饭财政”，难为当地的农村养老保险提供财政补贴，资金挤占挪用的现象还时有发生。这种情况下，公共财政难以执行统一的管理监督，无法及时化解财务风险，造成了极大的财政隐患。在1999年农村养老金移交劳动部门之前,农村养老保险机构靠提取3%的管理费维持运转，农村养老金被挪用和违规拆借所造成的损失也难以估量。