首先是后续资金匮乏。吴裕华说，小贷公司资金来源的惟一渠道是自有资金。如果没有大量的后续资金注入，小贷公司将难以持续发展。
　　介休华泰、榆次诚汇等小贷公司负责人说，与银行进行资金合作的政策虽已明确，但没有具体的操作办法。此外，国有商业银行由于种种原因不愿意与小贷公司合作，股份制银行在县域内很少布点，小贷公司实际上很难找到可以合作的金融机构。
　　其次是缺乏现代管理制度。介休华泰小贷公司股东李富贵说：“现在公司处于起步阶段，内部的监督、内控、运行等机制尚不完善，大家都是凭借过去做生意的经验在运作公司，现有的风险也是靠自身的心理来承受，缺乏化解经营风险的制度体系。”
　　第三是制约放贷的因素仍然较多。一些小贷公司负责人说，当前公司大多采取了抵押、质押、担保等贷款方式，但作为贷款主要群体的农民缺乏有效的抵押物件，与此同时，由于相关职能部门不配合，贷款户的他项权证办理不了，进而影响抵押贷款的办理。此外，人民银行的征信系统仍未与小贷公司实现联网，也影响了贷款业务的开展。
　　第四是缺乏优惠政策。一些人士反映，作为国家扶持的新兴机构，小贷公司目前在工商、税收等方面还没有享受到扶持政策。