果蔬物流加工领域：我国在鲜切果蔬技术研究方面的工作才刚刚起步，如在鲜切后蔬菜的生理与营养变化及防褐保鲜技术方面开展了一些初步研究，但尚未形成成熟技术。在无损检测技术方面，我国尚处于初始研究阶段，与世界先进水平存在巨大差距。在整个冷链建设方面，预冷技术的落后已经成为制约性问题。现代果蔬流通技术与体系尚处于空白阶段。目前，我国进入流通环节的蔬菜商品未实现标准化，基本上是不分等级、规格，卫生质量未经任何检查便直接上市，而且没有建立完整而切实可行的卫生检验制度及检验方法；流通设施不配套，运输工具和交易方式还十分落后，因此导致我国的果蔬物流与交易成本非常高，与发达国家相比平均高20个百分点。
　　
　　标准体系尚不完善
　　我国的果蔬标准体系仍不完善，标准的可操作性和指导性不强，行业标准相互交叉、重叠。产品标准制定不科学难以真实反映产品的质量状况；感观指标中描述性语言过多，缺乏量化指标。HACCP已成为国际公认的食品安全保证体系。联合国食品法规委员会（CAC）规定HACCP体系作为食品企业保证食品安全的强制标准，但在我国只是一些出口型或大型企业进行HACCP安全质量体系认证，国家对内销企业还没有强制性要求，很多企业对HACCP体系的内涵和意义认识不够，甚至有些已经通过HACCP认证的企业在具体的生产过程中也没有严格按照HACCP体系的要求去做。
　　
　　综合利用水平低
　　中国已发展成为世界果蔬和加工品的最大出口国，但很多是以半成品的形式出口，到国外后仍要进行深加工或灌装，产品附加值较低。高附加值产品少，特别是对原料的综合利用程度低，皮渣中果胶、果蔬天然香精、膳食纤维、色素、籽油等精深加工产品的产业化核心技术没有突破。
　　
　　企业规模小行业集中度低
　　果蔬加工行业通过资本运作，逐步进行企业的并购与重组，企业规模不断扩大，行业集中度日益增高，产生了一批农业产业化龙头企业，产业规模得以迅速扩张，但依然处于企业的加工规模小、抗风险能力差、产品单一、产品销路不畅、竞争力差的发展阶段。
　　
　　更重要的是，我国果蔬加工企业的研发与创新能力十分薄弱，核心竞争力实质只是所谓的“低价格优势”。在国外，绝大部分企业都设有企业的研发部门或研发中心，进行新产品的开发，一般企业的研发费用占销售收入2％—3％以上。但是，国内的大部分加工企业不重视产品的研发和科技投入，不注重企业人才培养与引进，造成企业研发人才和研发设施缺乏，从而导致企业研发与创新能力差、技术水平落后、产品难以满足市场需求。