虽然，草甘膦在农药行业一直都是耀眼非凡，但是其同样逃脱不了抗性的枷锁，草甘膦抗性杂草最早是于2010年，在美国南达科他州出现了抗草甘膦飞蓬，也被称作杉叶藻，而某州立大学的合作大田农艺学家认为这种情况完全在意料之中。
　　该专家解释称，飞蓬是目前第一种被发现的抗草甘膦阔叶类杂草。因为飞蓬从早春就已经开始发芽，并形成花环，同时还会在同年产生种子，所以很难对其进行防控。专家建议农户在防控飞蓬时可以使用化学防控以外的方法，尽管在他们进行抗性管理时，会因偏向于较少的劳动量而最先考虑利用化学农药，但是在管理抗性飞蓬时同样可以选择其他方法。
　　专家推荐的方法包括：
　　1.耕作：在秋季或早春时节进行适当的耕作能够提供相当理想的防控效果；
　　2.作物轮作：在不使用化学处理的基础上进行作物轮作；
　　3.种植春小麦或冬小麦：如果种植这两种农作物，就能够使用其他的化学手段来防控这种杂草；
　　4.种植玉米或高粱：玉米和高粱作物的种植同样可以提供防控抗草甘膦杂草的其他化学选择；
　　5.转换成种植多年生作物，如苜蓿：因为苜蓿可以对土壤进行常年的覆盖，这样就能够避免飞蓬萌芽，从而提供良好的防控效果。
　　最后专家对于处理抗性问题提出建议表示，最重要的是使用综合的手段，利用多种防控策略就可以十分容易地解决抗性问题，并避免将来发展为更严重的抗性。