这次《种子法》修改草案中，将种子生产许可证和种子经营许可证“两证合一”，即企业只办一个证——在注册地办种子生产经营许可证，即可在适宜的地方开展种子生产和经营。
　　这样改的目的，一是减少行政许可，减少企业麻烦。如一个玉米种子的经营企业，要在甘肃的张掖制种，可以自己持生产经营许可证到当地和农民租地制种；也可以直接委托当地的种子生产企业制种。这个种子生产企业不用先到县区种子管理机构申请，审核通过后再到省里的种子管理局办许可证，省去很多时间。但生产种子前应向所在地县级种子管理机构备案，也就是要告知当地，我在你县的哪个乡镇哪个村、受何企业委托、生产多大面积的哪个品种。受委托制种的企业，备案时应出示委托书。这样备案的目的是为了加强制种市场的管理。
　　二是便于控制私繁滥制。单纯的种子生产型企业不用办理许可证，但要制种就要和有生产经营许可证的企业签订委托生产合同。如果制种者自己没有生产经营许可证，又没有委托书，就是私繁滥制。现行种子法对生产许可证申领者的硬件要求很全面，但对所生产种子的来源要求不严，只要求“申请领取具有植物新品种权的种子生产许可证的，应当征得品种权人的书面同意。”一些没有品种权的品种，容易被私繁滥制侵权。
　　在《种子法》修改草案征求意见时，对“两证合一”也提了一些意见。一种是种子企业提的，认为“两证合一”，还要到种子生产地去办生产经营许可证，岂不更麻烦了？这是一种误读，没有认真读修改草案。另一种意见是种子管理机构提的，认为不办种子生产许可证，加大了管理难度。这对种子生产重点县、省的种子管理机构来说，是减少了审核权和许可权。权力小了，但责任还在，应把力量重点放在市场监管上，查处私繁滥制，打击侵权套牌。
　　如果这个修改草案获得通过，中国种子协会应制发一个种子生产委托书标准样本，统一格式，以便于监督管理。