北方地区因种植面积较小，冬季又多在保护地种植，故而病虫害与南方相比发生较少。叶用芥菜的主要病害有病毒病、霜霉病、软腐病、菌核病等。

虫害有蚜虫、斑潜蝇、菜青虫、小菜蛾等。栽培时期、栽培方式、栽培品种不同，病害发生的种类也不同，如病毒病一般在夏季高温天气下容易发生，霜霉病一般在秋季时发生，而菌核病一般在低温高湿的冬季发生。生产上应掌握其发生的规律，进行提前预防，尽量减少农药的使用。