锈病主要危害黄花菜的叶片和花苔，染病部位开始出现淡红色小点，后稍稍隆起变为桔红色疱斑，称为夏孢子堆，随后表皮破裂散出锈褐色粉末状物。夏孢子堆周围失绿。大量夏孢子堆密集时，叶片或花薹萎黄枯干。生长季晚期，叶片或花梗上出现许多短条状或椭圆形小疱斑，表皮并不开裂，称为冬孢子堆。

此病是由一种称为萱草柄锈菌的真菌侵染引起的，夏孢子堆散出的锈褐色粉末是病菌的夏孢子，淡黄色、卵圆形，这是病菌大量重复产生的无性孢子；冬孢子堆产生的冬孢子为双细胞有柄、壁厚淡褐色，似短棒状。锈菌是一类活物营养的高级寄生菌。

在寒冷地区冬孢子越冬后的第二年春暖有雨潮湿即萌发产生小孢子，它不能侵染黄花菜，气流传播侵染败酱草，在它上面产生性孢子和锈孢子，锈孢子通过气流传播回到黄花菜上寄生，这种现象称为转主寄生。锈孢子侵染黄花菜发病后产生大量夏孢子，靠气流传播可频频进行再侵染使病情不断加重。在南方温暖地区，夏孢子可以终年不断进行再侵染。旬均温24―26摄氏度，相对湿度85%以上温暖湿润的天气有利于病害流行。施速效氮肥过多会降低植株抗病性。

防治黄花菜锈病要采用综合措施：

1.因地制宜选种抗病品种；2.合理施肥，结合整地施足有机底肥，勿过量单独施速效氮肥，适当增施磷、钾肥；3.加强田间管理及时分株、勤除杂草，改善田间透风降湿透光状况；4.发病初期可选用下列药剂：（1）15%粉锈宁可湿性粉剂1500―2000倍液；（2）25%敌力脱乳油3000倍液；（3）70%代森锰锌可湿性粉剂1000倍液加15%粉锈宁可湿性粉剂3000倍液等。隔15―20天喷一次连续喷2―3次。