留种时早熟种应选第一瓜，瓜形端正，两头一样粗，外皮圆滑。晚熟种选果形大，端正，肉厚，着生于蔓的中部，瓜蒂肥大，瓜梗陷入瓜蒂中，底色暗绿。青皮冬瓜皮上茸毛消失，粉皮冬瓜皮上有一层白粉。采收后放置一个月，使其后熟，再剖开、取籽、洗净、晒干、贮藏备用。充分成熟的种子发芽率高，后代生长好，结瓜多。当前不少市售冬瓜种子是从菜场收购而来，其果实未经充分成熟，种干瘪，发芽率极低。