褐斑病：褐斑病在我国各棉区都有发生，以华东地区较为普遍，褐斑病在棉花苗期和后期均可发病，但主要危害棉苗。病害严重时造成棉苗晚发，甚至叶片枯死。褐斑病在棉苗发病初期，子叶产生紫红色小斑点，天气潮湿时，病斑扩大合成不规则形大斑，边缘紫红色，略隆起，中部黄褐色，其上面散生小黑点，即病菌的分生孢子器，病斑容易破碎成穿孔。受害严重时，子叶早落，棉苗枯死。褐斑病病菌不侵害茎部和生长点，病株仍能抽生真叶，真叶被害时，初生紫红色小斑点，以后逐渐扩大成为黄褐色到灰褐色边缘呈紫红色的圆形病斑，病斑质脆易穿孔，严重时能引起落叶。

　　棉苗疫病：棉苗疫病在我国各棉区都有发生，由于该病病菌要求高湿的生存环境，故主要在南方棉区发生，个别年份危害严重。棉苗疫病在苗期主要危害子叶和幼嫩真叶，常在降雨时或雨后发病。子叶受害后，先在边缘出现暗绿色圆形或不规则形的水渍状病斑，与健康部分差别不大，尔后病斑变成青褐色，其症状以后有两种表现，一种是病斑刚出现不久，遇天气放晴，日光照射病斑呈黄褐色，严重者形成枯斑，子叶或真叶脱落；另一种是在连续几天阴雨的条件下，病斑迅速扩展成青褐色至黑色，有时半个或整个子叶变黑，甚至发展到真叶或幼芽，使之变黑，晴天后，部分或全叶凋萎。

　　茎枯病：茎枯病是一种偶发性真菌病害，在我国各棉区都有分布。茎枯病一旦严重发生时可造成很大损失，棉花从幼苗到结铃各个生育时期都能受害，一般情况下，前期主要危害子叶、真叶、茎和生长点，造成烂种、叶斑、茎枯、断头落叶，以至全株枯死，后期主要危害苞叶和青铃，引起过早落叶和僵瓣棉铃。茎枯病主要危害叶片、叶柄及较嫩的茎秆、苞叶和棉铃也能受害。子叶和真叶发病最初产生黄褐色或褐色小圆点，边缘呈紫红色，扩展后病斑呈近圆形或不规则形，褐色而具有同心轮纹，表面散生许多小黑点，即病菌的分生孢子器。现蕾后棉株发病时，叶片上出现不规则形、褐色同心轮纹病斑，中央散生小黑粒点，叶柄和茎秆上病斑呈褐色、梭形，中间凹陷，后期外度纵裂，棉铃受害，呈褐色、半开状，内部纤维外露，易成僵瓣，这是茎枯病的一个主要特征。叶柄受害后，叶片易脱落，受害茎枝容易枯折，故名茎枯病。

    发病规律：

　　棉花苗期病害的发生与气候条件、耕作栽培措施及种子质量等密切相关。棉花播种后遇到连续阴雨或寒流低温等逆境气候条件容易发病，多年连作，地势低洼，排水不良，土壤湿度大，土质粘重，播种过早，覆土过厚及种子质量较差，常易引起苗病发生。

　　在条件适宜时，侵害棉花的各种苗病病原菌从棉花有关部位的自然孔口或伤口入侵到体内，经繁殖生长，产生有关毒素，破坏棉花体内细胞组织，当危害达到一定程度，会在棉花外部出现症状，这时再去防治为时已晚。

    防治措施：

　　根据棉花苗期病害发病危害先里后外及病害的发生强弱与棉花自身生长好坏有着密切关系之特点，在防治上应采取重防补治的策略，认真从基础做起，努力提高棉田质量，创造有利于棉花健康生长发育而不利于病原菌发生的良好棉田生态环境，才能较好地控制病菌危害，保护棉花减少损失。在防治措施上应主要抓好以下几点：

　　农业防治： ①合理轮作。与禾木科作物轮作 3 ― 5 年。棉田经种水稻 2 ― 3 年后再种棉花，苗期防病效果可达到 50% 以上。②采取系列优良栽培措施，创建对棉花生育有利的环境，促使棉苗健壮生长，增强棉苗的抗病力，在棉花播种前，棉田要选用腐熟有机肥或生物有机肥合理施足底肥，有条件施用生化黄腐酸有机复合肥作底肥更好，精细整地，达到能灌水也能排水，灌水造足底墒，及时耙耢保墒，保持土壤疏松，根据天气状况，选用中国农技协棉委会专供会员的“国欣”牌系列成实纯净脱绒包衣高质量棉种适期播种，棉苗出土后，要及时中耕松土，使土壤增温透气，以利促进发根壮苗，遇低温多雨时，要及时中耕和围棵松土，破除地面板结，清棵晾根，以减少病菌的侵染机会。③棉花地膜覆盖技术是一项有效的增产措施，既改变了田间小气候条件，也为苗病病菌的活动提供了适宜条件，因而盖膜棉苗期病害的发生也重于露地棉。苗病的发生与死苗和播关系密切，而且死苗出现在棉苗的一片真叶期为最多，故盖膜棉的播种期选择十分重要，要掌握好适宜的播期播种，使棉苗的一叶期避过死苗高峰期，可以显著减少病害。