有时候，铁炮百合种球会在收获後开始发生劣变，且此现象常在船运後目口刻发生，会在鳞片上出现严重的褐化腐败及侵蚀斑，甚至更进一步败坏而造成细菌感染。造成这种生理障碍的原因尚不明，但是种球早期采收（即种球可能在生理上尚未成熟），或在采收及处理时的伤害，都会容易促成微生物的入侵。防治之法为生产者需延迟种球的采收时间，以避免采收未成熟的种球，并在装箱前作好种球之乾燥及冷凉处理，以免种球因旺盛呼吸而累积热，造成利于腐败微生物生存的有利环境。