我国畜禽养殖业迅猛发展，在带来经济效益的同时也带来了日益严重的农村环境污染。如不及时解决，不仅会影响我国畜禽养殖业的健康、可持续发展，也会影响到环境保护的整体工作。长期以来，由于环境政策和农业政策在制定和执行方面的脱节，以及监管职能和能力建设方面的不足，使得环保部门在相当长的一段时间内，对畜禽养殖业的监管面临着“旧账未还、新账又欠”的尴尬局面。进入21世纪后，环保部门逐步加大了对畜禽养殖业的治理力度，先后出台了一系列文件，对新时期指导畜禽养殖业的良性发展起到了积极作用，与此同时，畜禽养殖业的排污收费工作也随之展开。笔者从排污收费的角度，就如何实现对畜禽养殖企业的有效监管进行了思考。
　　 一、坚持基本原则，尊重地区实际。实行排污收费制度是“谁污染、谁治理”、“污染者付费”原则的具体化，是运用经济手段加强环境保护的方法之一。从近30年的实践来看，实行排污收费制度是行之有效的，对污染防治、环境保护科技开发和集中加强执法能力建设等起到了重要作用。为加强对排污费的征收、使用和管理，2003年国务院颁行了《排污费使用管理条例》。同年2月，原国家环保总局联合国家计委、财政部、国家经贸委联合制定了《排污费征收标准管理办法》。
　　 从长远看，集约化、规模化畜禽养殖将是未来畜禽养殖业主要的经营模式。目前正处于这一变革的发生期，养殖专业户(个体户)、养殖小区(集约化养殖场)和规模化养殖场并存。在一些欠发达的地区，养殖散户居多，且具有规模小、分布广等特点。但一些地方的环保部门仅看到了这些年畜禽养殖业的整体发展势头，却未充分了解各地区之间的差异和实际情况，不断暗自加码，扩大畜禽养殖业排污费的征收范围，增大排污费的征收力度。笔者认为，就目前而言，任何更改或变相更改《排污费征收标准管理办法》中关于畜禽养殖收费规模的排污收费均是不妥的。一方面，《排污费征收标准管理办法》是由原国家环保总局等4部委联合制定的规章，从法理上来讲，所涉部门应共同遵守，且《附件》与正文同等效力；另一方面，现阶段，各省级政府和环保部门尚未就畜禽养殖业排污费征收制定新的地方性法规和规章。
　　 二、规范排污申报，简化收费办法。排污申报登记制度是整个排污收费制度的基础，也是强化环境监管的重要举措。需要强调的是，排污申报的企业并不一定就要征收排污费，因此，各地区可以结合实际情况，适当扩大排污申报的范围。同时，随着民众生活水平的提高，除了传统的鸡、鸭、猪、牛等畜禽之外，也要逐步完善如马、鹿、驴等牲畜的排污相互折算。目前，常见污染物排放量的基本方法有实测法、物料衡算法以及污染物排放系数法3种。笔者认为，对于规模比较大、污染治理设施比较规范的企业可采用实测法，如规模化养殖场、养殖小区等；对于养殖专业户规模小、基础设施比较差，则可采用污染物排放系数法进行测算。总之，环保部门在加强对畜禽养殖企业日常监管的同时，应掌握其生产经营情况，认真核对排污申报内容，针对畜禽养殖企业的不同规模和特点，因地制宜，简化收费办法。
　　 三、完善返还机制，强化舆论监督。资料显示，过去30年间，我国对污染企业征收的排污费中相当一部分返还回污染企业，作为企业进行技术改造和污染治理的资金。一些专家也认为，在我国经济发展的初期，排污费的征收、返还机制弥补了政府和企业在环保方面的投入不足，具有重要的意义。笔者认为，排污费返还机制应长期持续下去。一方面，促进企业对污染减排技术的采用和创新；另一方面，也使企业实现了多渠道筹措污染治理专项基金，不断完善污染治理水平。要坚持专款专用的原则，合理分配资金。同时，要强化对排污费返还的监督工作，确保返还的每分钱都用在了污染减排技术和完善污染治理设施方面。定期对外公布返还企业的基本信息、返还金额以及返还用途等，及时跟踪项目进程，并接受群众监督。对于一些未将返还的排污费用于技术改进和污染治理的企业除舆论曝光外，还可收紧其排污费返还额度。
　　 畜禽养殖企业的环境监管是个复杂的系统性工程，不可简单地实施“关、停、并、转”。我们应坚持“共同但有区别”的原则，分批实施，逐步推进畜禽养殖企业的环境保护工作，确保规模化畜禽养殖“十二五”污染减排目标任务顺利完成。