肠道是动物对营养物质进行消化、吸收、代谢的主要场所，也是动物体内最大的免疫器官。肠道菌群参与了几乎全部营养代谢过程。同时，肠道内的有益菌群能够促进肠道相关淋巴组织的发育、成熟，提高细胞免疫和体液免疫水平。实践证明，利用发酵床养猪最大的好处是给猪在其生态环境中创造了一道益生菌抵抗有害菌的天然防线，提高了动物的免疫水平，大大降低了发病率、死亡率。
3.微生态发酵床有可能使动物体内外生态环境更加稳定、和谐与优化。
在发酵床养猪这个生态系统中，动物体内固有的微生物菌群、微生物饲料添加剂和垫料中生长的微生物菌群，组成了动物体（猪）内外的微生态系统。动物体内的有益菌及其代谢产物有机酸、抗菌肽、酶等，可以提高猪的免疫力、抗病力及饲料的利用率。这些有益菌源源不断地通过粪便排到发酵床上，保持了发酵床中的有益菌始终占绝对优势，养护了猪舍的微生态环境；发酵床向猪提供的有益菌、无机物和菌体蛋白质提高了动物对矿物元素、微量元素的吸收来源，可以减少饲料中对上述成分的添加量，加之微生物自身的繁殖利用了粪尿中残留的常量元素、微量元素，减少了上述物质对土壤和水域的污染。有益微生物对猪粪尿的利用，改善了周围环境的气味，提升了猪舍的温度。
微生态发酵床养猪技术防患于未然，把畜禽养殖业污染的防治工作前沿，应用到了畜禽动物体内外微生态环境的保护和调节，增加了其微生态环境中生物多样性，提高了其适应性，有利于生态系统的稳定、和谐、健康和发展。
猪粪尿的主要成分及在发酵床中的降解途径
1.猪粪尿的主要成分
猪粪的主要成分是纤维素、半纤维素、蛋白质及其分解产物、脂肪类、有机酸和各种无机盐以及较多的氨化微生物。猪尿的成分多属水溶性，主要有尿素、尿酸、马尿酸及含磷、钾、钠、钙、镁等元素的无机盐类。猪粪尿臭味的主要成分为厌气性微生物分解猪粪尿所释放出的挥发性气体物质，如氨气、硫化氢、硫醇、三甲基胺、硫化甲基以及粪臭素等各种含氮或含硫之有机成份。
2.猪粪各成分比例 ％
（摘自猪粪的成分及其利用的研究－安徽农业科学2001.39）
3.猪粪尿生物转化的几种途径
在发酵床养猪系统中，猪粪尿成分可被垫料中的微生物利用，一部分形成了微生物细胞；一部分经彻底氧化转为CO2和H2O，一些小分子物质随水分被带走；一部分在猪的拱翻中被猪食用；猪粪尿中无法降解的那部分留在垫料床上。在健康的发酵床工作中，饲养密度与粪尿排放量成正比，粪尿量越大，菌繁殖得越多，垫料下30cm区域的温度越高，垫料下降速度越快。
发酵床养猪基础性研究的初步试验结果
从2008年5月至今，北京好友巡天公司参与了北京市农林科学院畜牧所“生态养猪发酵垫床及菌种应用技术研究与示范”项目。该项目研究测定了微生态发酵床养猪育肥阶段生产性能；跟踪研究了养殖过程中垫料微生物、营养物质以及垫料发酵主要指标的变迁规律；对比研究了发酵床与水泥地面两种不同养猪模式下环境指标；对不同专用菌剂和不同垫料的应用效果进行了初步的评价性研究。
项目的部分研究结果如下：
生产性能：
1.秋冬季：发酵床比水泥床日增重提高117g（112头猪，平均日增重817g／日），提高16.71％；料重比2.94，比水泥床降低5.5％（水泥床日增重700g,料重比3.11）（见表1）。
2.夏季：由于夏季高温，且降温措施还不完善，发酵床比水泥床日增重降低50g（105头猪，平均日增重700g／日），降低6.7％；料重比4.04，比水泥床增加4.4％（水泥床日增重750g,料重比3.87）（见表2）。
在凉爽和寒冷的季节采用发酵床养猪效果明显，表现出较好生产性能。夏季发酵床的高温环境对育肥猪生长不利，而且体重越大，影响越明显。因本试验所在的猪场发酵床设计中明显存在硬化地面面积比例过小，炎热季节猪群热应激明显。
设计发酵床必须考虑总饲养密度、发酵床面饲养密度和硬化水泥床面饲养密度三个密度因素，才能为推广发酵床养猪模式取得饲养效果优势奠定良好的基础。从现有试验数据以及降低炎热季节热应激的角度观察，育肥后期硬化床面应达到0.6㎡/头以上，硬化地面比例应达到30%以上。
通过猪舍的建筑设计，通风降温措施的改进与加强，做好夏季的防暑降温，冬季的防寒保暖，完全可以使发酵床养猪模式做到扬长避短。