夏季降温问题
采用发酵高床养猪，春秋冬季影响不大，夏季的高温天气影响很大，特别是南方。高床本身蓄积了一定的热量，如果栏内没有晾台，降温措施就要做足。
高床养猪的降温措施有的可以参照普通的和现在经常使用的方法，如水帘降温、负压抽风降温，辅以屋顶喷淋水降温效果更显著；也可以在栏内设置足够的晾台或可以移动的水泥板，猪感觉热时可以在上面休息；室内喷雾降温时要注意垫料的湿度，否则菌种发酵会受影响。
猪肉品质问题
发酵高床所饲养的猪除了饲料报酬不如一般猪舍养的猪外，我们做试验的猪肉质方面也发现不如一般猪舍养的猪。2008年12月，经华南农业大学屠宰测定，同样是长白阉公猪，体重同样110千克左右，发酵高床饲养的两头猪和一般商品猪栏饲养的猪比较，除了肉的pH值比较接近外，发酵高床猪在肉的亮度、红度、嫩度、颜色、大理石纹、滴水损失等方面均不如一般商品肉猪栏饲养的猪，特别是大理石纹评分，发酵高床猪1.9，一般商品肉猪栏饲养的猪2.3，这一问题值得进一步进行研究。
应对策略
发酵高床养猪(自然养猪法)技术在一些地区和猪场的使用取得了不错的效果，但还有许多新的问题出现。各级政府在大力推广应用之前，应将可能遇到的问题尽量收集完备，在推广的时候进行宣传，否则养殖场（户）投资后效果不显著，既造成了损失，又浪费了大量的人力、物力