为了解决养猪最难处理也最不容易见到效果的环保问题，从2005年开始，在山东、福建等省兴起了发酵高床养猪（自然养猪法）新技术，现在，很多省份，特别是养猪业发达的地区也都采用该方法养猪，不过大部分地区都在试验观察效果。很多从事研究的专家和菌种生产厂家认为，垫料可以使用3年，也吸引了一部分规模化大型猪场进行试验研究。发酵高床养猪在管理到位的情况下确实能解决环保问题，没有污水排出，也减少了冲猪舍的水量，另外，猪舍的氨味及其他异味大幅度减少，猪的健康水平有所提高，发病数量明显减少。广东板岭种猪场做了4个猪栏，垫料厚80厘米，谷壳和锯末各半，从2008年9月开始试验，在试验过程中，遇到了以下一些问题。
原料问题
从环保的角度出发，垫料只要能用1年，不要说3年，只要成本适当，很多猪场都会使用。但是，垫料的量是一个问题。每平方米的垫料（80厘米厚），需要谷壳和锯末各4包（30千克~35千克），因此，原料的需求量非常大。根据专家介绍，锯末中，桉树的锯末由于不利于菌种的生存而不能使用，只能用其他树木的锯末。如果大范围推广该技术，原料(除了谷壳和锯末)的筛选工作比较重要，因为要有足够的量，而谷壳和锯末的量毕竟有限。
我国很多地区要么小麦产量大，要么稻谷产量大，或者玉米生产量大，而这些作物的秸秆作为农副产品多作为肥料或家畜的饲料使用，价值发挥不充分。如果能粉碎后作为重要的一种垫料成分，应该能解决这一问题。即使这些原料降解的速度与锯末相比比较快，但如果能用1年时间不断进行补充，也会节约相当可观的成本。
垫料位置问题
做发酵高床的猪栏一般垫料层深60厘米~80厘米，而地面多数是不铺水泥的(要求是一定不铺)，在山东等地，料床是挖到地下，床面与地面平，这种做法一方面可节约做砖墙的成本，另一方面添加饲料、驱赶猪十分方便。这种地下栏在北方比较适合，因为北方气候比较干燥，地下水位低，不容易渗水。在南方大部分猪场建在山区，并且很多猪舍是围着山脚而建，如果采用这种方法，由于南方气候潮湿，山区的地下水位一般比较高，如果下面又没铺设水泥地面，当地下水渗透到一定程度时，垫料下层湿度过大，容易变质。
区别不同地区的情况，垫料的位置是在地上还是地下不要一个模式。南方最好在地面上建发酵高床，但可以在下面铺一层稻草，以减少地下水分的影响。
建筑面积问题
根据很多资料和专家的介绍，发酵高床养猪密度为每头1.2平方米~1.5平方米，但没有说明是根据整个栏的面积还是垫料床的面积算出来的。如果是整个栏的面积，那么要把水泥地面的部分(吃料台和饮水台，有的还有晾台。大的占总面积的1/4，小的也占1/10以上)减去，按垫料面积来分，一头猪也就占1平方米左右，作为大猪来说，1平方米的垫料每天要分解l.5千克左右的粪便，还有尿液，应该承受能力达不到，效果也不理想。如果单单是根据垫料面积来算，到大猪的时候，加上饲料台、饮水台，平均每只猪占据面积要1.8平方米~2.0平方米，可能在建筑面积方面要增加相当成本，那就不是每个猪场都能承受得了的。
翻堆问题
目前做试验的猪栏是小栏，垫料的翻堆以人工翻堆为主，没有机器翻堆。根据相关生产厂家和专家介绍，采用大栏(100平方米以上)饲养时，可以采用机器翻堆。但由于猪的排便都有一个习惯，一头猪在一个地方排泄，其他猪也跟着来，没有分散排泄或划定区域排泄的习惯，即使用机器翻堆，聚集在一起的猪粪总要撒开，集中排泄尿液的地方湿度太大，也要经常撒开，总是离不开人工。人工翻堆或清粪，一是容易偷懒，二是人力需要量大，根本不可能一个人饲养400头~500头猪，一个人的工作量最多在300头。这种情况下，最好还是采用大栏饲养，人工辅助机器翻堆。
适应猪群问题
发酵高床养猪并不是任何猪群都适合(国外的福利养猪不同，他们有足够大的面积)。
一个猪场产生污水量最大的是商品猪，商品猪的群体大，是应该处理的重点。但根据发酵高床养猪的密度要求，肉猪舍的建筑面积至少要比以前扩大20％~50％，在我国土地紧张、养猪业在某些地区不受欢迎的情况下，土地数量是一个挑战，有条件的可以做。饲养肉猪时，由于前期猪的体重小时密度大，长到一定体重时要分栏，就存在一个并栏的问题，这要引起注意。保育小猪和分娩舍所产生的污水量比较少，饲养密度要求比较高，并且可以利用发酵高床进行冬季保温，使用效果较好，饲养保育猪方面。贵州的一些猪场已经取得了一定实效。配种怀孕猪舍，由于猪相对比较固定，单栏或栏舍是固定的，如果搞发酵高床，翻堆不方便。