醋酸可以杀死口蹄疫病毒，但这并不是一个很好的选择，因为它对许多其它的重要病原微生物没有杀灭效果。而火碱的腐蚀性又太强，不适合用于日常消毒。
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那么到底该怎么办？在大多数猪场当中，消毒剂都用于消毒设备、靴子以及畜舍。有些情况下，如果消毒表面干净的话，用季氨化合物（Roccal DT）还是很不错的。但这类消毒剂对口蹄疫病毒和副结核分支杆菌不是特别有效，而且当有机物污染存在的情况下活性会显著降低。有些新型的季氨类消毒剂在这方面有所改进。氯制剂（NolvasanT）也是一种应用广泛的消毒/杀菌剂，对皮肤没有刺激性，但遇到有机物污染或硬水时会失活。这种消毒剂适于对洁净的表面或器材进行消毒。One Stroke EnvironT、OsylT和AmphylT之类得酚醛类消毒剂在硬水或存在有机物污染的情况下仍有相当的活性，适合用于消毒池、消毒靴子、设备等用途。这种消毒剂对结核杆菌和副结核分支杆菌具有良好的杀灭效果，但对口蹄疫病毒也不是特别有效。
Virkon ST 是一种有机酸和表面活性剂的混合物，这种消毒剂对范围广泛的众多病原（包括口蹄疫病毒）都具有很好的杀灭效果。在存在有机物污染的情况下，其活性也相对稳定。制备成消毒液后，其pH值为2.6左右，但对皮肤没有刺激性。可用于多种设备的消毒。
各种消毒剂的有效作用时间也各不相同，在选择消毒剂时需要考虑这一因素。消毒剂一般不能直接用在动物身上。用在食槽、水槽附近以及畜舍当中的情况下，也要仔细阅读标签说明，确保安全。
在日常例行生物安全程序当中，猪场需要对自己面临的主要生物安全威胁进行评估，考虑需要消毒的表面类型，消毒的环境，根据这些因素来选择适合本场的消毒剂。
关于硬水或有机物污染下的失活情况、所需的消毒时间、杀灭病原种类、人员使用安全以及环保等方面的信息，通常都在标签说明当中标出，或者可以向生产厂家咨询。
最后，生产人员还应该记住，消毒只是生物安全措施的一部分，其它方面也不要忽视。