初免时间的确定 一种方法是用琼脂扩散试验（AGP）测定1日龄雏鸡母源抗体水平，然后推算合适的首免日龄，如果阳性率低于80%，鸡群应在10~17日龄进行首免；若阳性率达80%~100%，在7~10日龄再采血测定一次，如阳性率低于50%，鸡群应在14~21日龄首免，若超过50%，鸡群应在17~24日龄首免。另一种方法是根据种鸡的免疫情况确定初免时间，种鸡开产前和产蛋期注射过灭活疫苗的，其后代母源抗体一般比较高，雏鸡应在14～18日龄首免；种鸡没有注射灭活疫苗的，其后代母源抗体一般比较低或没有，雏鸡应在1～5日龄首免。
参考免疫程序 没有母源抗体或抗体水平低的鸡:
1日龄 低毒力疫苗 雏可宁（A80）
10日龄 中等毒力疫苗 法必妥（MB、228E、B87）
18日龄 中等毒力疫苗或中等偏强毒力疫苗 法必妥（KS96）
抗体水平较高的鸡:
14～18日龄 中等毒力疫苗或中等偏强毒力疫苗 法必妥（KS96）
24～28日龄 中等毒力疫苗或中等偏强毒力疫苗 法必妥（KS96）
同时要做好种鸡的免疫，提高雏鸡的母源抗体水平，避免早期感染。　　
传染性法氏囊病造成的免疫抑制程度随感染鸡的日龄不同而异，感染越早法氏囊的损伤越不可逆转，而当2周龄后由于产生抗体的B淋巴细胞已大量转移到外周血液和其它淋巴器官中，所以感染法氏囊病后造成的免疫抑制程度较轻。由此可见，母源抗体越高对雏鸡保护期越长，即使以后发生法氏囊病其损失也越小。因此，种母鸡注射法氏囊灭活油苗，对商品代雏鸡防止法氏囊病造成的损失有重要意义。开产前（18～20周）和产蛋期间采用两次灭活疫苗免疫接种，以使雏鸡获得整齐和高水平的母源抗体，在2~3周龄内得到较好的保护，防止法氏囊病毒的早期感染和由此造成的免疫抑制。
对发病鸡可采用精制卵黄抗体注射或速效囊病康散（广西斯达药业生产）、法立能（瑞普天津公司生产）饮水；同时适当降低饲料中的蛋白质含量，减轻肾脏的负担；提高维生素含量、使用口服补液盐，缓解机体脱水，增加抵抗能力；使用抗菌药物、免疫增强药物，控制鸡群的继发感染。