4 肉质

肉质是一个有必要考虑的改良目标。但目前由于经济价值的原因，尚不能引起高度重视，肉质性状具有一定的遗传变异，遗传改良的基础是存在的，世界范围内，单独选择肉质的研究尚不多见，而选育费用估计比较高。测定难度又大，只能作长远目标考虑。
肉质除了受到遗传因素的影响外，环境的影响也是相当重要的（李加琪，1999）。除了应用分子标记的方法剔除氟烷基因外，还要对肉质的理化特性进行测定，对肉质性状（如肉色、大理石纹、PH值、肌间脂肪等）进行数量化的评估。
肉质与猪的瘦肉率之间可能存在不利的遗传相关，近年来随着猪胴体瘦肉率不断选育提高，猪的肉质有退化倾向，在瘦肉含量特别高的品种如皮特兰、比利时长白上，这种现象尤为突出。
肉质目标的选育存在几个问题：(1)肉质性状度量困难，特别是在活体上更难测定，只能在同胞或后代的屠体上测量，花费高，准确度较低。(2)选育指数中纳入肉质性状后会降低其它性状的选择进展，特别是与瘦肉率呈负相关，两者兼顾有一定困难。(3)肉质性状的经济价值目前难以衡量，因为现在的猪肉售价不是根据肉质来确定的，而选育代价却很高，从经济角度看尚不合算。
将来有两个关键的问题需要探讨：（1）随着瘦肉生长速度的不断选育，肉质的退化程度会有多大；（2）系内选择应将多少选择压放在肉质性状上。从遗传上寻找早期活体鉴别应激敏感猪，抗应激选种是猪育种的又一研究重点。

5 基因图谱

动物的生产性能多为多基因控制的数量性状，仅以个体或亲属的表型值(phenotypic vaLue)进行选择并不十分可靠，必须借助遗传标记来辅助选择。已对细胞遗传学、生物化学、免疫学标记进行了大量的研究，对选种选育有一定的价值。目前主要以基因位点、细胞遗传学及DNA多态性为标记对群体进行分析。
伴随分子生物学的快速发展，猪的遗传图谱研究和基因鉴别已取得相当大的进展。猪的染色体数目为38条，核苷酸总数为2.28亿个，需要确定的遗传标志约为900个。尽管猪的主要经济性状是由许多数量性基因(QTL)控制，但目前已发现一些有较大影响的宏效基因(Mnjor genes)。利用这些基因，可以从过去的表型选择直接转向基因型选择，大大提高选择的准确性。Webb(1996)指出，标记基因和生产性能基因位于同条染色体上，且相互靠近，有共同遗传的倾向。标志基因和数量性状基因（QTL）如果在同一染色体上相互靠近，则它们趋于同步遗传(基因连锁)。带有理想性能作用基因的猪可通过测定相邻的标志基因加以选择。这一过程称为标志基因辅助选择法（MAS）。该方法允许家系内选择，因此可降低世代间隔，加速遗传改良进度。但实际上，寻找与性能有关的标志基因要取得成效，所作的努力与付出的代价是很大的，因此采用BLUP选择法在经济上更为有益。在任何情况下，用BLUP法对性状本身进行选择时，各个起主导作用的基因都能正常地被选中，除非这些基因带有如同氟烷基因作用方式那样的不良副作用。尽管如此，标志基因辅助选择法也有其最大优势，特别是用在一些难以直接测定的性状如抗病力、肉质、青年公猪的产仔数的选择过程中。但总的来看，目前分子遗传学方法不可能完全取代数量遗传学方法，这两种方法应当是相辅相成的关系。
在所有标识基因中，DNA限制性内切酶切割片断长度多态性(RFLP)广泛地应用于人类基因图制备和致病或缺陷基因的探测与定位。而且，作为一种分子标记，在畜禽遗传图谱的构建，早期标记辅助选择等方面日益展现出广阔的应用前景。
基因图实现了物种间的比较研究，使我们了解了基因的组织和表达。基因图的下一步工作就是在遗传标记值点的变异与数量性状变异之间建立联系。通过选择可识别的分子标记来选择具有育种意义的数量性状。

6 抗病力

目前的研究结果表明，对任何一种疾病作抗病力选育似乎是无效的，这是因为病原体本身变异很快。对育种的要求或许是应该通过遗传的方法提高机体的总体免疫反应水平。抗病力的选育有两条可能的途径。第一种是简单地恢复猪的杂合状态，但这种状态在今天的纯种猪上经过30余年的选育已经失去。第二种途径是进行系内选择,提高总体免疫水平。近年来猪遗传图谱的研究进展很快，有可能采用标志基因辅助选育法来进行抗病力选育。猪接种异源蛋白质后，根据免疫反应的BLUP指数高低进行选留。