在过去的30多年来，猪育种的主要目标是降低背膘厚，提高胴体瘦肉率，提高生长速度。现在降低背膘厚这一目标已基本实现，二元杂交商品瘦肉型猪胴体瘦肉率为60%左右。遗传育种的方向正在发生变化，除要求提高瘦肉生长率、饲料报酬外，更强调提高繁殖率和肌肉品质。育种手段将经典的数量遗传理论和方法与计算机技术、生物技术等高新技术相结合，使得育种工作更定量化、更精确，获得更好的育种效果。从宏观上讲，猪的育种目标与世界或某一地区的社会、经济、人们爱好有关，但影响养猪经济的性状则基本相同，如要求猪繁殖力高、生长快、耗料省、肉质好等，在规模集约化养殖的今天，还要求猪种群体能适应规模化生产管理的条件。遗传改良的作用是累积性的，每一代的改良幅度虽不大，但多年的持续选育会使猪的性能发生显著的变化。总的来看，猪的遗传改良还有很大的潜力，通过高新技术育种以及营养、管理方面的共同改善，将会出现更高性能的猪种。

1 瘦肉率

近年来，养猪业追求的是如何高效率地生产适应市场和消费者需求的瘦肉。因而提高瘦肉生长速度和瘦肉的饲料转化率已成为重要的选育目标。随着测定和计算技术(如超声波扫描仪B超、高性能计算机)的进步，我们已能较准确地估测猪活体的瘦肉含量，瘦肉生长的选择到了现实可行的阶段。
过去，选择强调在自由采食条件下的背膘厚度与饲料转化率，其实是通过降低猪的自由采食量来减少脂肪沉积量。因此，猪育种的方向可能是找出吃得多，并能将较多饲料转化成瘦肉而非脂肪的猪个体。电子化的饲喂测定站可通过改变采食量的曲线来达到改善饲料转化率的目的。例如增加20～40kg体重期间的采食量，因为这时猪的饲料转化效率是十分高的。目前急需测定出普通基因型猪的瘦肉生长曲线，以及采食量曲线对饲粮类型如干湿料、高低营养浓度料变化的反应。
瘦肉率的改良主要依靠选择和杂交，实践证明，选育瘦肉率是十分有效的，每一世代选育可使瘦肉率提高0.5～1.0个百分点。且瘦肉率与饲料转化率呈有利遗传相关，瘦肉率提高后，猪的饲料消耗可降低。

2 繁殖力

母猪繁殖力目标的系内选育已有成功的先例，它的经济效益无疑是很高的。尽管该性状遗传力低，但性状有较大的表型变异，选育的关键是采用大群体提高选择差，排除大部分环境效应，提高选择准确度，另外还要控制近交的过快增长，发挥我国猪的高繁殖性能的优点。
现代育种中，育种值是选择及选配的基础。利用母猪本身的信息进行选择效率很低，选种的准确度较差，但猪群中母猪具有多亲属的特点，如母亲、祖母、全同胞、半同胞、女儿等，利用众多亲属的产仔信息合并成产仔数的复合育种值即可明显提高选种准确度。育种值估计在近几年取得了显著进展，这主要归功于BLUP（最佳线性无偏估测方法）的应用。动物模型BLUP是Henderson(1972)根据混合模型方程组的原则提出的育种估计方法，其重要特点是在同一估计方程中，既能估计固定的环境效应和固定的遗传效应，又能预测随机的遗传效应。由于BLUP方法可将遗传与环境影响区分开来，故可对不同世代和不同猪群间的猪个体进行遗传性能比较。计算机技术的发展使得BLUP能够对大量数据进行处理。同时进行方差分组及育种值估计，这些优点使得BLUP方法在选择、选配、跨群体选择、估计生物技术效应等方面发挥重要作用。应用 BLUP可综合利用群体中所有家系亲属的记录来估计青年母猪和公猪的遗传性能。不过，这一方法会迅速降低低产家系的数量，导致近交系数增加的风险。
BLUP育种值估计方法之所以能够提高选种的准确性是由于：（1）充分利用多种亲属的信息；（2）能消除由于环境造成的偏差；（3）能校正由于选配所造成的偏差；（4）能考虑不同群体不同世代的遗传差异；（5）利用个体的多次记录成绩（如猪有多次产仔记录），可将由于淘汰造成的偏差降到最低。

3 氟烷基因

氟烷基因(halothane gene)具有提高瘦肉产量的遗传优势，但会增加劣质肉（PSE）的发生率和猪突然死亡率。该基因的优势在于能提高胴体瘦肉率，但是氟烷基因阳性猪(nn)与阴性猪（NN）相比较，前者更具有应激易感性，易产生PSE肉，且猪易发生猝死。由于该基因的存在，对肉品质和肉量产生了许多负影响。较理想的长期选育方向是把父母系中的氟烷基因全部清除。但是，该法的不足之处是，由于迅速淘汰低产家系而增加近交风险。最终，BLUP模型本身由“中心网络”所取代。