微生物污染主要是养殖场粪污中含有大量的病原微生物，它们随粪进入水体后，以水为媒介进行传播和扩散，造成某些疫病的传播和扩散，危害人和动物的健康并带来经济损失。据报，南方某市三个村的猪场附近河水分析表明，每升水中细菌总数高达１１．５～７０万。
有毒有害物污染主要是指饲料中的抗生素、违禁药物、矿物质及猪场用的消毒剂等随粪污排入水体后对其造成的污染。
２．３ 养殖场对土壤的污染
养殖场粪污不经无害化处理直接进（施）入土壤，粪污中的有机物被土壤中的微生物分解，一部分被植物利用；一部分被微生物降解为二氧化碳（ＣＯ２）和水（Ｈ２Ｏ），使土壤得到净化或改良。如粪污进（施）入量超过了土壤的承受力（土壤自净能力），便会出现不完全降解或厌氧腐解，产生恶臭物质和亚硝酸盐等有害物质，引起土壤成分和性状发生改变，破坏了土壤的基本功能。另外，粪污中的一些高浓度物质（如：铜、锌、铁、微生物等）会随同粪污一同进入土壤，引起土壤中相应的物质含量异常之高（营养富集），不仅对土壤本身结构造成破坏或改变，而且还会影响生活于其上的人和动物的健康。
３ 养殖场环境控制措施
养殖场对环境的污染主要是因为养殖粪污大量的无序排放和处理利用不当造成的。运用开源节流之思想，一方面尽量减少养殖粪污的排出（产生）量，另一方面积极负责地对养殖粪污进行无害化处理利用，是有效控制养殖污染的主要途径。现今，有许多学者、专家、养殖厂家从动物营养、饲养管理、生产工艺等方面进行了深入的研究，已取得了阶段性成果。下面笔者从上述两个方面介绍几种有效、实用的养殖场环境控制措施，以供参考。
３．１ 降低或减少养殖污物排出量的措施
降低或减少养殖污物排出量主要是采用有效的营养措施，在不影响动物生长和养殖效益的前提下，一方面通过添加高效添加剂或饲喂消化利用率高的原料，合理降低畜禽饲料中营养物质含量，通过减少营养物质的排泄量，来减少养殖污物的排出量；另一方面通过添加促进畜禽消化吸收营养物质的添加剂，提高畜禽对饲料（粮）中营养物质的消化利用率（沉积率），来减少养殖污物的排出量。降低或减少养殖污物排出量是解决养殖污染的根本出路。
３．１．１平衡氨基酸法
通过平衡日粮中的氨基酸可减少畜禽排泄物中氮等的含量，氮是排泄物中造成环境污染的主要元素之一。排泄物中氮一般占干物质的２．０％～６．０％（其中３３％在粪便中，６７％在尿中）。畜禽主要通过日粮摄入蛋白质（蛋白质平均含氮１６％）态等氮元素，经过消化吸收，被动物机体沉积利用约３５％，其余约６５％排出体外。猪在不同生长阶段氮等营养物质的消化率、排泄率和沉积率。
排泄率和沉积率
猪摄入的氮平均约６５％排出了体外。蛋白质是由氨基酸组成的，蛋白质的吸收利用率与其氨基酸组成有关，普遍认为蛋白质营养就是氨基酸营养，要提高饲料中蛋白质的吸收利用率，就必须改善饲料的氨基酸组成。研究表明，通过在畜禽饲料中添加某些氨基酸，在不影响动物生长和养殖效益的前提下，可适当降低饲料中蛋白质含量，进而减少排泄物中氮的含量。Ｃｈｕｎｇ 等（１９９１）研究表明，应用理想蛋白（氨基酸）概念配制的猪日粮，氮的排泄量可减少３０％，同时也能减轻养殖场空气中氨的浓度和臭味。Ｈａｎ等（１９９５）通过试验总结，仔猪饲料加０．１％～０．２％赖氨酸，可降低饲料蛋白２个百分点，减少氮和磷的排泄量为２０．９０％和１７．７１％。他在总结了鸡、猪饲料中加赖氨酸的结果，一般情况下，添加赖氨酸能促进肉鸡生长，也能降低氮排泄量。肉鸡（３～６周）１６％粗蛋白饲料中添加 ０．２％赖氨酸与１８％蛋白质饲料其日增重和饲料转化率相似，但降低氮和干物质排泄量分别为１５．４０％和７．９２％。Ｃｈｏ等（１９９５）报道，蛋白质２０％的肉鸡料中各添加赖氨酸和蛋氨酸０．１％，结果与２３％蛋白质对照组生长效果相似，但减少干物质、氮、磷排泄量分别为９．６９％、２２．０９％和１２．４６％。Ｌｅｎｉｓ和Ｊｏｎｇｂｉｏｅｄ（１９９１）报道，猪日粮蛋白质水平若降低１％，排尿量减少１１％。Ｏｒｏｃｋ等（１９９７）试验中，降低日粮４％的蛋白质，补足四种必需氨基酸，可降低猪舍６９％的氨气。