利用基因操作技术将FMDV的保护性基因（VP1或P1）插入到另一种病毒基因组中的某些部位，使之高效表达重组蛋白。由于外源性木的基因VP1或P1已成为载体的一部分，并随着载体病毒增殖而不停地表达，因而这种活载体疫苗在机体不但不能产生针对载体的抗体，而且可以产生针对FMDV的抗体，从而达到“一针防两病”的目的。另外，针对FMDV多血清型，而且型间无交叉保护作用，因而可将不同型FMDVVP1或P1基因插入到同一病毒活载体中，从而组成多价基因工程疫苗来预防、控制FMD及其他相关疾病。目前常用的病毒载体主要有痘病毒，腺病毒、疱疹病毒等。Sanz-Parra等构建表达FMDVVP1和VP1基因的重组痘病毒，用该重组病毒接种豚鼠，产生针对FMDV的B细胞和T细胞的免疫反应，2000年，BerinsteinA等构建了表达FMDVC3Arg85毒株的P1基因重组痘病毒，用该重组痘病毒接种Balb/c小鼠，用ELISA检测出高效价的抗FMDV抗体，同时能保护同源病毒强毒的攻击；GregoryA等，用表达FMDV结构蛋白腺病毒型免疫猪，4周后用相同剂量加强免疫一次，产生高水平的FMDV中和抗体，5/6免疫猪得到了FMDV结构蛋白的VP1多肽，用该重组病毒接种牛诱导高水平的抗FMDV抗体。伪狂犬病病毒与牛传染性鼻气管炎病毒属于疱疹病毒，基因组约150kb，含有许多病毒增殖和复制所非必需的基因，能容纳的外源基因多，是一种很好的病毒载体。Ziji等成功地将猪瘟病毒膜蛋白E1基因插入PRV738株gC基因中得到表达，制成的疫苗使免疫猪获得了较好的免疫力，并可抵抗PRV强毒和猪瘟ngdu的攻击。除病毒活载体疫苗外，菌体也用来作为载体，目前已有人将FMDVVP1的部分抗原肽在菌体系统中嵌合表达。