奶牛无论在牧场、在运动场、在挤奶厅内，还是躺在畜栏内，如果管理不当，那么它们很可能遭受种种危害，如污染的水源、废弃的铁丝、带铁钉的木板、玻璃、陈旧的设备、牛粪和泥泞区域等，都能影响奶牛的健康和原料乳的质量及安全。
　　因此如何加强对牛场的设施、牛粪的管理及对周围环境进行严格的管理及控制，保证原料奶的质量安全和奶牛的健康，使牛场获得长期稳定的经济效益，促使其向可持续的生态型牛场发展，是当前养牛者应该关注的重点之一。
　　泌乳牛舍最佳管理
　　泌乳牛舍应该是奶牛的清洁、干燥、舒适和安全的场所，这有助于减少物理性创伤、微生物传染引起原料乳质量安全的危害。
　　1.拴系式畜栏
　　小道、地面、畜栏高度和边沟系统的设计应减少奶牛受到创伤的机会，并且容易维护。
　　2.自由活动畜栏
　　确保小道足够宽，便于牛行走、运输饲料和垫料，并且员工容易观察牛健康状况。同时确保小道没有死角。保证地面有小凹槽，以防奶牛滑倒而引起乳房、牛蹄和身体的创伤。
　　3.妊娠牛舍和围产牛舍
　　其设计应该考虑到奶牛的安全、舒适和清洁。目前，认为降低环境乳房炎发生几率的最好方法就是保持牛舍干燥和清洁。限制牛粪清洗设备接触牛舍，为每头奶牛提供充足的活动休息空间，为奶牛产犊提供好的地面条件。
　　4.通风
　　对于普通畜舍、暖畜舍和可调式畜舍而言，畜舍的通风系统的设计应该注重为奶牛提供最舒适的健康环境，并且预防原料乳不良风味的产生。提供适合的通风，确保足量的新鲜空气进入室内，以便降低室内温度和相对湿度，奶牛舍温度不应该超过25℃，舍内湿度为80%。同时，保证牛舍的适当通风，还可以减少牛舍内的不良气味、气体、灰尘和病原微生物数量。
　　畜栏和垫料的最佳管理
　　1.奶牛畜栏区域的设计要求
　　畜栏的设计要保持畜栏清洁、干燥和易于排污，保证奶牛躺下时，不要碰到隔栏;区域直径设计要保证容纳奶牛能向前和侧面移动，当奶牛站立时，需要足够的活动空间;地面保证合适的坡度(建议最小为2～3%)，便于地面排污，使用带有弹性的垫料。路边高度的设计要平衡牛粪收集和最小乳房损伤的情况，一般以20～30cm为宜，以把牛粪、残留污物和水拦在畜栏外面。每天至少清洗畜栏两次。
　　2.畜栏垫料材料要求
　　能吸收的、舒适的和不能促进细菌生长。两个选择：①有机的(例如：锯屑、刨花、麦秸和土);②无机的(例如：沙子、砂石、河砂和石灰石粉)，最好能与牛粪同时储存和处理。
　　牛粪储存和处理的最佳管理
　　为了预防疾病的传播和维护奶牛健康，牛粪必须按时从牛舍和饲养设施中清除，而且，其在被用于土地肥料之前，必须储存一段时间。因此加强牛粪的管理，防止奶牛接触牛粪，减少不良气味和飞虫出没，预防其对饮水的污染，是提高牛场综合管理效益的关键。
　　1.确保牛粪储存区域足够大
　　牛粪储存设施应该足够大，以便储存牛粪、垫料、废弃饲料和所有的液体，同时还包括用于肥料之前的沉淀物。较大体积的牛粪储藏池具有足够的储存空间，允许牛粪储存到给庄稼上粪肥的最佳时间。不同的地区牛粪储存时间是不同的，各地应该根据自己的实际情况制定最佳计划。
　　2.遵守间隔距离
　　当计划建造新的牛粪储藏场所时，应该考虑到牧场的所有结构、建筑位置、重建区域、临近建筑物和风向，保证牛舍建筑之间的适宜间隔距离，以及牛粪和动物房舍、水源、生产线、最近居民点和高速公路的距离。
　　3.牛粪处理
　　牛粪储藏设施应该正确地施工，以防止牛粪泄露，污染地面和地下水。牛粪储藏者应该备有处理偶然发生牛粪泄露的计划。
　　限制奶牛接近牛粪储存地，以减少疾病传播危险。牛粪中存在的微生物能引起许多疾病，例如大肠杆菌是奶牛垫料和牛粪中普遍存在的一种细菌，如果奶牛乳头接触牛粪，大肠杆菌就可以传播，这能导致乳房炎和其它疾病，同时也可以污染原料奶。牛皮被牛粪污染的奶牛，当其在屠宰场被屠宰时，也能增加大肠杆菌传播的危险。
　　清洗隔离区域时，仅能使用清洁的水清洗隔离区域，不要用用过的水清洗隔离区域。同时避免使用长茎秸秆和饲料废弃物做垫料。
　　挤奶中心最佳管理
　　挤奶中心废水含有污染物，除非废水经过适当处理，否则它能污染环境和成为飞虫和细菌繁殖基地，众所周知飞虫是传染性乳房炎细菌的传播者。