奶牛养殖小区存在的问题
小区筹建者建设小区的目的是聚拢一定数量奶牛的养殖场户而赚取乳品企业给的收奶补贴。牛越多，则奶越多，补贴越多。因此，奶牛养殖小区建设中，业主考虑的多是如何增加奶量，奶的卫生安全则未引起重视或根本未考虑，加上资金、知识结构、土地等的限制，在小区规划、布局、设计、管理等方面自然存在某些不足或缺陷，给之后的奶牛饲养、生产管理、疫病控制、原料奶质量控制、卫生环境控制等造成一定的隐患。
容易增加疫病防控难度
选择牧场地址时要防止养殖场之间动物疫病的相互传播，自然间隔极其重要。如果简单人为地把养殖户奶牛集中在一个养殖小区内一起饲养，又不注意各方面的管理，即使有“六个统一”的管理制度，也容易相互传播疫病。养殖户中有贩牛的，有开典当行的，也有开的士的等，有听说养殖奶牛效益高又有补贴而转入的，雇人饲养，人员素质是个问题，特别是近年养殖效益不好时要做到“六个统一”往往是困难的。除牛场牛舍统一建造和鲜奶统一收购外，奶牛是各养殖户的，其他生产成本和管理各管各，牧草各自种植或收购，饲料各自采购或加工，粪便各自处理，精粗饲料各自堆放，奶牛随意进出等等，就是上班时间也往往各管各，大多小区难以做到统一。在工作之余，各饲养员串门走动或三五成群集中喝茶、聊天、打扑克也比较普遍，饲养工具相互借用，个别脱绳奶牛相互跑动也时有发生。由于管理跟不上，通过其他养殖户病牛引进和人、物、奶牛传播病原微生物机会往往比单独的饲养场明显增多，近年来对一些疫病的监测结果也说明这一问题。小区内若有以贩卖奶牛为主要获利的养殖户，那么该小区的疫病往往是难以控制的，会经常发生新的疫病。
增加牧草供给难度和饲养成本
因多个养殖户奶牛集中饲养后牧草需求量加大，牧草和土地及农副产品供求关系发生变化，土地、青粗饲料等价格相对提高，且会出现供应紧张；种植地距离加大又增加运输成本、运输机械投入。所以，养殖小区的饲养成本自然要高于相对独立的饲养场。
增加奶牛粪尿对环境的污染
奶牛粪尿多用于牧草种植，自然消化时，一般牛场采取外销，用于养鱼、制菇、作肥料和做有机肥等。因奶牛集中饲养后规模扩大，造成这一地区牛粪供求关系发生变化，外销价格下跌，牛场收益下降。若奶牛饲养量继续增加，外销自销均成问题后，各养殖户不得不各自堆放，有的堆放到小区周围，造成小区和周边环境污染。也发现有个别小区养殖户因牛粪便无处堆放，而倒入场边的小溪里，人们怨声载道，成为不小的问题。
对牛奶质量和收购价格的影响
乳制品加工企业实行按质论价收购牛奶，小区一般配套建有收奶站点，同时也方便养殖户送奶。送奶时间缩短，有利于控制牛奶中微生物的繁殖。但是，如前所述，进入养殖小区的奶牛因受感染微生物的机会增多，牛奶中微生物的种类和数量相应也会增加。独立养殖场，如果奶牛和原料奶数量达到一定程度，乳制品企业也会配套设立收奶站点，拥有制冷设施，在同样管理力度下其原料奶质量更容易控制，其牛奶收购价格自然要高些。
其他人为因素造成的问题
在奶牛养殖小区的建设过程中不同程度上缺少规划，或没有征求畜牧、兽医、环保和建筑等相关行家的意见，受技术、观念和资金、土地等多因素的制约，在小区选址和牛舍建造、牛场布局上对环境污染、奶牛饲养、奶牛防疫和牧草供应、挤奶与原料奶冷却设施等相关事项，缺少充分的考虑或受制约，故对之后的奶牛生产和疫病防控埋下了一些不易解决的隐患。
小区地址往往不理想 在选择区址时往往没有更深层次考虑到周围环境与养殖小区之间的相互影响。将奶牛从村庄中移入奶牛小区之后，对村庄的环境污染减少了，但有的奶牛小区对新的社会环境又造成了污染。周边的其他畜禽养殖场、屠宰场、厂矿、村庄和过往的行人、动物及其产品等造成的环境污染对奶牛小区的影响没有引起足够的重视。这不仅影响牧草种植，更影响奶牛的健康和对牛奶卫生质量的控制。有的为了形象和方便而把区址选在村庄出入要道和主要公路铁路的附近，也有建在地势平整的粮田上和环境污染比较严重的其他养殖场、屠宰场和厂矿附近。
在人口村庄密集、交通经济发达的南方地区，选择一个完全适合中大规模养殖小区(场)的地方非常困难。一要考虑周边环境与养殖小区(场)之间的相互影响，二要受土地的限制，三要受资金和水电路等的影响等等。因地制宜建设适度规模相对独立的奶牛场相对容易解决。