品质交配的难点是根据毛色进行公母犬配对。藏獒有6种基本毛色：纯黑色、铁包金色（又称“四眼”或马鞍色）、红棕色、杏黄色、纯白色和狼青色。除此之外，还有许多其他中间毛色。毛色遗传表现十分复杂，决定该6种毛色的基因是复等位基因。即在决定毛色的染色体的同一位点上至少存在着6对等位基因，这些等位基因之间存在着显性、等显性、无显性等不同关系。例如，黑色公犬交配红棕色母犬，后代有黑色、红棕色、巧克力色（底毛是红棕色，毛尖呈红黑色），呈无显性遗传。如果用红棕色公犬与黑色母犬交配，即反交，后代中除出现黑色与红棕色幼犬外，还会有狼青色个体出现。关于藏獒的毛色，除受到遗传制约外，也随年龄发展而变化。除纯黑色、四眼毛色犬外，其他如红棕色、杏黄色藏獒在幼小阶段都表现着色程度不同的青灰色胎毛，3月龄左右，胎毛逐渐褪去，开始出现黄色或红棕色。判断足月小犬未来颜色最重要的部位是耳后的毛色。根据耳后的毛色基本可以确定一生的毛色。在藏獒中所占比率最高的四眼毛色，虽然生来具有，但眉斑有大小，颜色有深浅。标准的四眼毛色应该为眉斑大而圆，斑缘整齐、清晰，颜色以红色最佳，黄色较好，白色四眼较差。