在无公害水产品养殖生产过程中，防治病害应注意以下几个问题。
一、正确诊断，对症下药。加强巡塘，通过巡塘及时发现养殖品种的异常情况。运用直观、镜检、解剖等多种手段，确定养殖品种病害的致病原因。当生产者自己难以确定病因时，应及时到当地水产技术推广部门就诊。待病因确定后在水产技术推广部门科技人员的指导下，正确选用药物，切忌在不明病因的情况下盲目用药。
　　
二、规范用药，健全档案。选用的药物应符合无公害水产品生产的要求，严格执行农业部制定的《禁用清单》，少用或不用抗生素类药等；严格执行《无公害食品、鱼用药物使用准则》。切忌随意加大药物用量，以免造成养殖品种出现药物中毒甚至集中死亡；生产者应养成购买鱼药时索要处方的习惯；建立健全养殖池塘档案，尤其是对药物使用情况及其效果应作详细的记录。
　　
三、讲究方法，科学用药。科学用药，首先须了解药物特性和作用机理。水产养殖病害防治中，通常以3—5天为1个疗程，是因为药物作用于养殖品种肌体产生效用需要有一个时间过程。消毒药进入养殖水体杀灭水体中的病菌、病毒，起到水体消毒杀菌的作用。治虫药一类为水体中使用，通过杀灭水体中或是寄生于养殖品种体表的寄生虫，另一类则是养殖品种内服后通过血液循环杀灭寄生在体内的寄生虫。如消炎药物就是通过养殖品种内服杀灭体内的病菌病毒。因此，从杀灭病虫害到养殖品种的康复是需要一个过程的；其次，切忌擅自停药。有些养殖户用药后见病情好转，擅自停药。其实，过早停药，疾病极易再次发作；第三，讲究方法。在确定用药后，应充分了解所选药物的特性，有时不同药物同时使用时，会产生意想不到的结果，如晶体敌百虫与生石灰混合使用就会生成剧毒农药敌敌畏，直接危害养殖品种的生存。还有些药物，如二氧化氯，它一般是现配现用，要掌握好混配比例和作用时间，如果比例不当，会失去杀菌消毒的功能。