秋季水温适宜，是鱼种生长的旺季。秋季的鱼种管理应抓好以下工作。
1、及时清塘
经过2～3个月培育鱼种的池塘，水质趋于老化，天然饵料减少，硫化氢等有害物质及病原菌增多。入秋后应将鱼种转入经过清塘消毒的池塘进行培育，净化养殖环境。
2、科学投饵
秋季气候适宜，鱼种摄食量大，生长迅速，必须保证饵料供应。以食草鱼种为主，搭配鲢、鳙鱼的鱼种池，应以投喂青饵料为主，适当投喂精料。每天每万尾草鱼种投喂浮萍、嫩水草70～90千克，精饲料1.5～2.5千克。对混养的鲢、鳙鱼池每10～15天须施肥1次，每亩施经发酵的人畜粪70～90千克，使池水透明度保持在30～35厘米。以鲢、鳙鱼种为主，搭配草鱼的鱼种池，应以施肥为主，投饵为辅。除施基肥外，每隔5～10天施追肥1次，每亩施腐熟人畜粪80～100千克。每天每万尾鱼种投精饵料2～4千克，青饵料50～70千克。
3、分养管理
鱼种要按不同规格合理分养，做到同池所放鱼种规格一致。16厘米以上的鱼种，可投放在成鱼池内套养，偏小鱼种需专池培育，以免引起争食。
4、定期巡池
鱼种培育期间要坚持每天巡池，观察鱼的摄食与生活情况，注意水质变化，勤换新水，每周加换新水一次。并经常清扫食场，及时捞除残渣剩饵，每半月在食场周围用0.5千克漂白粉化水泼洒，定期投喂药饵，每月2次，每次连喂3天。发现病鱼、死鱼要及时捞出深埋。