如果错过改良水质的机会，水质就会恶化，令对虾的生长产生严重后果。2005年5月中旬，在广东珠三角地区连续几天降大雨和暴雨，许多虾塘都发生水色突变，其中最严重的是，许多原来透明度在60厘米以上的虾塘突然变清，看到池底，在雨后第三天即开始有大量虾塘的虾出现浮头现象，接着是停止摄食、空胃，逐步出现死亡现象。从死亡的虾和不正常虾观察，既不是红体病，也不是白斑病，而是由于缺氧引起应激反应造成。当测定这些虾塘底层溶解氧时，含氧量低达2毫克／升。

　　及时使用微生细菌改良底质和水质。在每次灾情过后，特别是长时间的大雨和暴雨及台风过后，虾塘中的生态环境均遭受重创，甚至破坏微生态平衡。在这个时候应使用微生物细菌，例如光合细菌、EM菌和牙孢杆菌等，修复微生态环境。

　　不少虾农对上述微生物细菌特点和功能有糊涂认识。例如有的虾农见水色变淡，想改变水色，使用光合细菌和EM菌肥水，结果花了不少钱，仍肥不了水，水反而更清。须知，光合细菌和EM菌的主要功能是消除水体中的氨氮，亚硝酸、硫化氢、有机酸等有害物质，改善水体质量，但却对培养藻类作用不大，并且对于进入水体中的大量大分子有机物质，如虾的排泄物、残存饲料、浮游生物残体却无法分解利用。更具体地讲，光合细菌和EM菌对改良水质起作用，但对改良底质作用不大。

　　改良底质应使用化能异养细菌，也是被人们称之为微生物制剂或微生态制剂，即市面上干品包装的利生素、活康素之类。这类细菌能吸收利用大分子有机物质，同时能将有机物质矿化生成无机盐为单细胞藻类提供营养。单细胞藻类的光合作用又为有机物的氧化、微生物的呼吸、虾的呼吸提供氧气。循此往复，构成一个良性的生态循环，使虾池菌和藻相达到平衡，维持稳定水色，营造良好的水质环境。

　　使用微生物细菌时，应将光合细菌、EM菌与芽孢杆菌交替使用，这是因为它们功能不同。使用时应按说明书足量投放。因有益细菌进入池塘中形成优势种群才能发挥其独特功效。一般从肥水开始投第一次，每隔10－15天一次，若水质不良应多投。使用前3－5天和使用后3－5天不能使用消毒剂。