又次，化学肥料在实践中对土质产生了破坏性的影响。江苏、浙江、广东、福建等地区应用化学肥料较早且较普及，一时以为有功，久之则弊病丛生。汕头稻草虽荣而结实不坚，菜蔬果实味苦易糜烂，甘蔗汁少色墨(汕头国货维持会:《请厉禁外国人造肥料案》，《农业特刊》1930年);浙江甘蔗多患红色菌病，柑橘味酸不耐久藏，冬瓜失其甘香且易腐烂;宁绍沿海各地之棉花结蒴小而迟开，各地之稻多患稻热病及虫害(朱海帆:《舶来化学肥料的危险与我国肥料问题解决的途径》，《科学世界》1935年第4卷第2期);广东甚至出现了肥田粉杀人的传言(《肥田粉杀人之传闻》，《农业周报》1930年第61期)。不仅如此，化学肥料的使用容易引起整个生态系统的紊乱，浙江商会曾呈文农矿部，称各地虫灾频发且愈治愈甚，因各县青蛙稀少，在其为蝌蚪时“已被肥田粉僵死”，“于是害虫猖獗矣”(《浙江商会试禁人造肥料案》，《农业特刊》1930年)。不独中国如此，“欧美施用矿质肥料，年代甚久，量亦甚多……灭杀土中之小动物及微生物，使其生产力减低，亦为惯见之事情”(张乃凤:《化学肥料问题论战缩影》，《农报》1944年第9卷第19至24合期)。此种危害令时人痛心疾首，“农业国家，土质最关重要，竟可说是全体人民命脉所寄，倘然土质变坏，不能耕种，那么，此四万万五千万人将何以为生!”(曾养甫:《取缔肥田粉之意义》，《浙江建设月刊》1933年第7卷第5期)。

最后，部分学者虽然认为化学肥料“利益彰著，故有提倡之价值”，但认为中国目前的条件不适合使用。中国农民智识不足，多昧于眼前之利而盲目乱用;中国无健全的试验与农业指导机关，可以帮助农民科学施用化学肥料;中国无相关肥料法律来禁止与处罚假冒劣质肥料;中国不能自行制造化学肥料从而免受外人之经济侵略。因此，“我国农业上从各方面的观察，现在不宜应用肥田粉”(张德粹:《对于肥田粉应有之认识》，《农业周报》1930年第53-55期)。

这些政治、经济、生态的因素交织在一起，使得化学肥料在当时一度被视为鸦片般的毒害物质，不独学者们纷纷撰文声讨化学肥料之诸多弊端，且各地商会、国货维持会、农业改进会等组织亦纷纷“劝告商人勿卖，农民勿买”，“请求国民政府行政院工商部内政部严令禁止入口”，各省建设厅亦在1930年前后出台了一系列化学肥料管理政策，如加强进口管理和市场监管、征取税收、取缔劣质化学肥料等等。

在对化学肥料的一片声讨声中，亦不乏拥趸者，他们从不同侧面对引进与推广化学肥料的合理性进行了阐述。

其一，使用化学肥料实乃时势使然。在“科学昌明，生存猛竞之今日”，中国要摆脱国贫民困，免于危亡必须首先复兴农业，要改良土壤，快速增加生产，“不但旧有之天然肥料须增加用量，改良用法，即化学肥料之应用，亦必有增无减，此为人口增加后自然之趋势”(包伯度:《天然肥料与化学肥料》，《社会月刊》1930年第2卷第4期);中国要走向现代化，“农业也得现代化，农业现代化就少不了化学肥料”(张乃凤:《中国化学肥料之前途》，《西南实业通讯》1945年第12卷第5-6期)。