一、草原征占用审核审批管理办法（2006年1月27日农业部令第58号公布，2014年4月25日农业部令2014年第3号修订）
　　删去第十一条第一款第三项，将第二款修改为：“临时占用草原的，应当提供前款（二）项规定的材料、草原植被恢复方案以及与草原所有者、使用者或承包经营者签订的草原补偿费等补偿协议。”
　　二、新饲料和新饲料添加剂管理办法（2012年5月2日农业部令2012年第4号公布）
　　将第七条第三项修改为：“有效组分、理化性质及有效组分化学结构的鉴定报告，或者动物、植物、微生物的分类（菌种）鉴定报告，微生物发酵制品还应当提供生产所用菌株的菌种鉴定报告。”
　　三、进口饲料和饲料添加剂登记管理办法（2014年1月13日农业部令2014年第2号公布）
　　将第七条第一款第七项修改为：“微生物产品或者发酵制品，还应当提供生产所用菌株的保藏情况说明。”
　　四、饲料和饲料添加剂生产许可管理办法（2012年5月2日农业部令2012年第3号公布，2013年12月31日农业部令2013年第5号修订）
　　将第七条第一款修改为：“申请从事饲料、饲料添加剂生产的企业，申请人应当向生产地省级饲料管理部门提出申请。省级饲料管理部门应当自受理申请之日起10个工作日内进行书面审查；审查合格的，组织进行现场审核，并根据审核结果在10个工作日内作出是否核发生产许可证的决定。”
　　删去第八条。
　　五、高致病性动物病原微生物实验室生物安全管理审批办法（2005年5月20日农业部令第52号公布）
　　删去第六条第五项。
　　删去第七条第一款第七项。
　　六、动物病原微生物菌（毒）种保藏管理办法（2008年11月26日农业部令第16号公布）
　　将第二十九条修改为：“从国外引进和向国外提供菌（毒）种或者样本的，应当报农业部批准。”
　　七、新兽药研制管理办法（2005年8月31日农业部令第55号公布）
　　将第五条第二款修改为：“承担新兽药安全性评价的单位应当符合《兽药非临床研究质量管理规范》的要求，执行《兽药非临床研究质量管理规范》，并参照农业部发布的有关技术指导原则进行试验。采用指导原则以外的其他方法和技术进行试验的，应当提交能证明其科学性的资料。”
　　将第八条第三款修改为：“属于其他新兽药临床试验，还应当提供符合《兽药临床试验质量管理规范》要求的兽药安全评价实验室出具的安全性评价试验报告原件一份，或者提供国内外相关药理学和毒理学文献资料。”
　　删去第十二条第一款。
　　将第十七条第二款修改为：“因试验死亡的临床试验用食用动物及其产品不得作为动物性食品供人消费，应当作无害化处理；临床试验用食用动物及其产品供人消费的，应当提供符合《兽药非临床研究质量管理规范》和《兽药临床试验质量管理规范》要求的兽药安全性评价实验室出具的对人安全并超过休药期的证明。”
　　八、动物诊疗机构管理办法（2008年11月26日农业部令第19号公布）
　　删去第十一条、第三十六条，以及第十三条第二款中的“并依法办理工商变更登记手续”。
　　九、水产种质资源保护区管理暂行办法（2011年1月5日农业部令2011年第1号公布）
　　将第八条修改为：“根据保护对象资源状况、自然环境及保护需要，水产种质资源保护区可以划分为核心区和实验区。
　　农业部设立国家级水产种质资源保护区评审委员会，对申报的水产种质资源保护区进行评审。水产种质资源保护区评审委员会应当由渔业、环保、水利、交通、海洋、生物保护等方面的专家组成。”
　　删去第九条。
　　将第十条第一款修改为：“符合条件的水产种质资源保护区，可以由省级人民政府渔业行政主管部门向农业部申报国家级水产种质资源保护区，经国家级水产种质资源保护区评审委员会评审后，由农业部批准设立，并公布水产种质资源保护区的名称、位置、范围和主要保护对象等内容。”
　　删去第十三条第二项，以及第三项和第四项中的“或者‘省级水产种质资源保护区’”。
　　将第十六条第一款修改为：“农业部应当针对国家级水产种质资源保护区主要保护对象的繁殖期、幼体生长期等生长繁育关键阶段设定特别保护期。特别保护期内不得从事捕捞、爆破作业以及其他可能对保护区内生物资源和生态环境造成损害的活动。”